Navnet har sætra fått etter Anders Jensen Helkan som ble byfogd i Trondhjem i 1633, tre år senere rådmann og i 1650 tilsatt som borgermester. Som et tillegg til sin lønn som borgermester overtok Helkan sætra og brukte den som sæter og sommerbosted.
I forbindelse med at Ilavassdraget ble tatt til byens drikkevannskilde, ble det vedtatt et forbud mot all gårdsdrift som kunne gi tilsig til drikkevannet. Dette ble kroken på døra for sæterdrifta ved Helkansetra. Da driften ble lagt ned forfalt bygningene, og de ble etterhvert hjem for farende og hjemløse. Låven brant ned i mellomkrigsårene og våningshuset råtnet formelig på rot.
I 1956 var situasjonen så ille at man måtte iverksette strakstiltak om ikke hele bygningsmassen skulle kollapse. Skogssjefen, Fredrik von der Lippe, foreslo at setra skulle overlates til speiderne mot at de reparerte huset.
Speiderne tok i mot utfordringen, men oppdaget raskt at hovedhuset var i så dårlig stand at det ikke lot seg redde. De foreslo imidlertid å reise et nytt hus og fikk tillatelse til det. Huset ble reist på dugnad og er innredet ved hjelp av gaver og sponsorer.
Trondheimsspeiderne har to tilhold i Bymarka. Helkansetra og Sykket. I motsetning til Stykket har Helkansetra ingen overnattingsplasser, men vollen utenfor setra er godt egnet til telting.
Kilde: Historien til Helkanseter. Sørtrøndelag Speiderkrets
Boksen er en liten fuglekasse.