L'église actuelle de Genlis est la deuxième église connue de la commune.
En mai 1756, on constate que l'église existante menace de s'écrouler. On se doit de réparer la bévue d'un architecte qui fit "couper les tirants de la chapelle qui traversaient la nef" parce qu'ils "faisaient mauvais effet".
Malgré les réparations de 1788, le culte est proclamé dangereux le 5 août 1841 à cause du mauvais état de l'église.
En 1840, les rythmes de réparations s'accélèrent. On prévoit 36 000 francs pour les réparations. Dès 1844, on pense à en construire une nouvelle. Deux clans se forment : celui qui veut une belle église, symbole de la ville et un autre qui souhaite une église simple et peu couteuse. En 1849, la vieille église est démolie et cause la mort d'un ouvrier.
Le 15 juin 1844, le conseil municipal et l'évêque de Dijon examinent les projets. Le coût de l'église revient, avec un nouveau presbytère a 95 000 francs.
La première pierre est posée le 25 avril 1847.
Le 12 novembre 1849, Mgr François-Victor Rivet, évêque de Dijon, bénit la nouvelle église.
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