Nord og sydkanalerne i den væsentligste del af infrastrukturen i afvandingssystemet i Kolindsund. De to kanaler omkranser den tidligere sø fuldstændigt og leder al vandet fra de tilstødende åer udenom den gamle søbund og ud i det fælles udløb, Grenaakanalen. Kanalerne betegnes også som ringkanaler, der begge ligger på fast jord uden for søens areal. Af de to kanaler er Nordkanalen langt den største. Ved udløbet af Ryom Å er bredden på Nordkanalen otte meter, mens Sydkanalen knap nok er seks meter bred. Ved udløbet i Grenaaen er ordkanalen tolv meter bred, mens Sydkanalen er syv meter bred.
Sydkanalen modtager vand fra Ryom Å, Korup Å, Mårup Å, Skod Å, Nygård Å, Kloster Å og Lillemølle Å samt en række mindre bække og grøfter. Indtil 1938 modtog Sydkanalen vand fra Kolindsund via Pumpestationen Østre Maskinen. I 1988 byggedes Allelev Sund Pumpestation, der stadig tilfører Sydkanalen vand fra Kolindsunds dybeste område.
Sydkanalen er ikke nær så godt et fiskevand som Nordkanalen. Det skyldes, at kvaliteten af de tilstødende åsystemer er væsentligt ringere end de nordlige åsystemer. Dog er Mårup Å, Skod Å og Lillemølle Å af nogenlunde kvalitet og alle rummer forhold, der forbedrer vandkvaliteten undervejs. Fælles for dem er dog, at der er tale om forholdsvis små vandløb.
Både Syd og Nordkanalen er som navnet angiver gravede kanaler. De er udgravet fra efteråret 1872 til sommer 1874 og er gravet ud med hakker, spader og trillebør. Da arbejdet var på sit højeste, var 1000 arbejdere ansat med anlægsarbejderne omkring Kolindsund.
Sydkanalen er i Kolindsunds østlige ende gravet ud med hakker i det højtliggende kalklag fra Allelev ud til Grenåen. Kalken er voldsomt porøs, hvorfor vandet fosser ind i sundet igen fra Sydkanalen gennem digerne. Det har gjort det nødvendigt at støbe lange stræk af Sydkanalen i beton for at reducere denne kortslutning mellem kanalen og den gamle søbund. Dette var et af de tiltag man måtte udføre for at reducere pumpeomkostningerne, og som voldsomt fordyrede anlægsarbejderne i Kolindsund-projektet.
Et stykke øst for Allelev Sund Pumpestation kan man se, hvordan betonen er brudt op i mange stykker, hvorfor kortslutningen igen er meget stor fra Sydkanalen til Kolindsund.