La cultura Otomí es considerada por los investigadores como una de las culturas más antiguas de la Altiplanicie. Los Otomíes, después de haber descubierto el maíz, el frijol, la calabaza y el maguey, se agruparon en la región en torno al cerro Techimacit (hoy Barrio de la Cruz); por la cañada que forma el lecho del río, construyeron sus casas formando el poblado que llamaron Iztacchichi - Mecapan que significa tierra blanca de Chichimecas (hoy San Juan del Río) cuyo cacique era Mexici.
Don Nicolás de San Luis Montañés, Capitán General de entradas, encabezó un numeroso ejército de gente de Xilotepec; llegando a este lugar en la mañana del 24 de junio (“El mero día de San Juan”) del año 1531 para fundar un nuevo poblado: Pueblo de San Juan del Río, en nombre de Dios Nuestro Señor del Cielo y de la Tierra, y de acuerdo con los nativos y su cacique se dieron a la tarea de trazar las primeras calles.
A mediados del siglo XVI, Fray Sebastián de Aparicio promovió la construcción de un puente en la parte más angosta del río debido a las constantes crecientes que dificultaban el paso de las caravanas. Sin embargo, fue hasta principios del siglo XVII que por orden del Virrey Don Diego de Velasco se edificó dicha obra y hasta 1711 fue construido el magno puente que hoy se conoce como "Puente de la Historia".
Durante el período de la Guerra de Independencia, San Juan del Río constituyó un escenario relevante para la causa de la insurgencia nacional, ya que partieron de aquí al frente del Ejército Imperial de las Tres Garantías y con la asistencia del General Guadalupe Victoria, Anastasio Bustamante y el General José Luis Quintanar, entre otros, a la toma de la plaza de Querétaro.
Durante los siglos XVIII y XIX las haciendas constituyeron un importante factor del desarrollo económico y social de San Juan del Río. Las más importantes fueron: Lira (hoy perteneciente al municipio de Pedro Escobedo), La Llave y Galindo.
El 5 de octubre de 1830 y como consecuencia de su notable desarrollo económico y social, el Congreso Local dio a San Juan del Río el título de Villa. Para 1847, en el marco de la guerra entre México y los Estados Unidos de Norteamérica, el gobierno del Estado otorgó al entonces Distrito de San Juan del Río el título de Ciudad.
El Municipio de San Juan del Río se localiza al Sureste de la entidad en las coordenadas 20°12’ y 20°34’ de latitud Norte y de 99°49’ y 100° 12’ de longitud Oeste, con una altitud sobre el nivel del mar de 1,920 metros y a una distancia de 51 kilómetros de la Capital del estado. Está delimitado políticamente por los Estados de México e Hidalgo en el Este; por el municipio de Amealco de Bonfil al Sur; por los municipios de Pedro Escobedo y Amealco de Bonfil al Oeste y por los municipios de Pedro Escobedo y Tequisquiapan al Norte.
Algunos de sus principales atractivos turísticos son: A unos cuantos minutos de la ciudad de San Juan del Río se encuentra el fraccionamiento residencial y Club de Golf San Gil. El campo de 18 hoyos está bien acondicionado y es sede de importantes torneos nacionales e internacionales. El Parque Ecológico Paso de los Guzmán; la Unidad Deportiva Maquío; la Unidad Deportiva San Juan y el Centro Cultural y de Convenciones José María Morelos y Pavón.