S. Tomé de Negrelos é uma freguesia de origem manifestamente anterior à fundação da nacionalidade e de raiz cristã.
Desde meados do século XI (1050), em diante, abundam os Diplomas que se referem a ela, originários dos conventos e outras instituições a que andou agregada.
Primitivamente era identificada pelo seu onomástico - S. Tomé e pela posição geográfica, sob o Monte Córdova e à margem do rio Vizela, mais tarde juntaram-lhe os topónimos locais mais em evidência, como o de Pedrados e de Cucuvelos, S. Tomé de Pedrados (1074) ou S. Tomé de Cucuvelos até que uns séculos à frente, séc. XIV, a freguesia é enquadrada, na Região de Negrelos e passa a designar-se por S. Tomé de Negrelos. Negrelos, nome milenário ditado pela flora prevalecente, os negrilhos ou choupos escuros, na linguagem hispano-romana.
Desde o séc. XII que é completa, a descrição de agora S. Tomé de Negrelos, nas Inquirições de 1258 descrevem-na em pormenor, com vinte grandes vilas ou quintas e seus casais, terrenos cultivados, culturas, títulos de aquisição, impostos e toponímia riquíssima.
Eclesiasticamente esteve durante séculos integrada na Arquidiocese de Braga, apesar de reclamada já no séc. XII por D. Hugo, para a Diocese do Porto, onde regressou apenas em 1882. Pertencia à Terra de Negrelos (também conhecida por Riba de Vizela), designação medieval eclesiástico-civil, da parte mais oriental do concelho de Refojos de Riba d'Ave que ia de Burgães para cima, e numa linha que de S. Tomé flectia para S. João de Eiriz e seguia, pelos vales do Sousa e Ferreira, até Amarante.
Civilmente S. Tomé de Negrelos era do termo do Porto e foi do concelho de Refojos de Riba d'Ave até 1836, data em que devido às reformas liberais do século XIX, foi criado o Concelho e Julgado de S. Tomé de Negrelos (1836-1855), em substituição do de Refojos de Riba d'Ave que fora entretanto desmembrado do Couto de Santo Tirso. Pertenciam ao Concelho de S. Tomé de Negrelos as seguintes freguesias: Vilarinho (vinda de Guimarães), S. Salvador e S. Martinho do Campo, S. Mamede de Negrelos (com Santo Isídro), Roriz (com Santa Maria de Negrelos), S. Tomé de Negrelos, Rebordões, S. Miguel do Couto e Monte Córdova (vindas do antigo Couto e recém-criado Concelho de Santo Tirso), Penamaior (onde se realizava a Feira quinzenal do concelho - a Feira do Cô Refojos de Riba d' Ave) e Burgães (que saudosa do antigo Couto, depressa se uniu ao Concelho de Santo Tirso).
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