Území tvoří lužní les v nivě Jihlavy, rozkládající se těsně za severní hrází
střední nádrže Vodního díla Nové Mlýny. Jedná se o jeden z posledních zbytků původně
rozsáhlého komplexu lužních lesů zatopených výstavbou zmíněného vodního díla.
Zátopy v Dyjsko – svratecké nivě začaly podle archeologických údajů asi v 8. století
našeho letopočtu (DEMEK a kol. 1970). Dle nejstarších historických pramenů, které
vypovídají něco o přírodních poměrech dnešního Mušovského luhu (zřejmě nejstarším
takovým dílem je Mullerova mapa Moravy z roku 1716), je patrné, že již v těchto dobách se
na místě dnešního ZCHÚ rozkládal les.
Roku 1781 byla pro židlochovské lesy vydána zvláštní instrukce, ve které se přikazuje
ostřejší dozor nad lesy zakazující prodej dříví mimo panství, pastvu dobytka, kosení trávy
v mladých kulturách a další příkazy, které v mnohém přispěly ke zlepšení stavu a vlastnímu
zařízení židlochovských lesů. Do tohoto období můžeme datovat počátek zakládání souvisle
zapojených lesních porostů dnešní PP Dolní Mušovský luh. Na stanovištích, kde to vodní
režim dovoloval, byl vysazován především dub s jasanem a tyto porosty byly zpočátku
obyčejně obhospodařovány klasickým polařením. Lze přitom předpokládat, že právě díky
tomuto specifickému způsobu „výchovy“ mladých kultur, dostaly porosty ráz dnešních
dubových jasenin. Vodou více ovlivněná stanoviště byla zalesňována hlavně vrbami, olšemi a
topoly černými. Kromě palivového dříví nebo produkce proutí z hlavatých vrb nebyly tyto
porosty velkého hospodářského významu – naopak ale dosahovaly velkých hodnot přírodních.
Zásadním vlivem na hydrologický režim Dolního Mušovského luhu a tím i na
biologické kvality všech biotopů byla regulace Svratky, Jihlavy a Dyje, jakož i „odvodňovací
mánie“, probíhající ještě v druhé polovině 20. st., v důsledku čehož došlo k znatelnému
poklesu hladiny spodní vody. V této době rovněž docházelo k rozsáhlým přeměnám
původních porostů tvrdého a měkkého luhu na porosty nepůvodních dřevin, zpravidla topolů
(Populus x canescens), ale i jasanu amerického (Fraxinus americana) nebo ořešáku černého
(Juglans nigra).
Od roku 1993 je luh řazen mezi mokřady mezinárodní významnosti (
V letech 1996-1997 byly v ZCHÚ lesním závodem Židlochovice provedeny
revitalizační úpravy s cílem vylepšení hydrologických poměrů lesa. Systémem revitalizačních
kanálů se do ZCHÚ přivádí voda, která průsakem vystupuje na povrch v terénních
sníženinách, jakými jsou tůně, staré koryto Jihlavy aj. Mimo to se revitalizačními kanály
zájmové oblasti přímo uměle povodňují.