I begyndelsen af det 20. årh. blev Pindstrup en temmelig stor by, hvilket hang sammen med, at Johs. Fauerschou la Cour oprettede Pindstrup Mosebrug. På den baggrund var det naturligt at der opstod et ønske om at Pindstrup kunne få sin egen kirke, og i første omgang ombyggede man et gammelt missionshus og brugte det som midlertidig kirke fra 1949. Man ønskede dog at få opført en rigtig kirke, og i 1955 anlagde man en kirkegård, men først i 1968 kunne kirken indvies.

 Det er en traditionel kirke i sin udformning med kor, skib og et tårn, men samtidig er det en moderne bygning, som er opført i betonblokke og tækket med cedertræsspåner. Til højre for indgangsdøren er der indmuret 5 munkesten fra moderkirken i Marie Magdalene.