Este convento terá sido fundado na segunda metade do século XV. Serviu para os cónegos regrantes de São João Evangelista.
Para além de ter funcionado como templo religioso, foi ocupado pelo Hospital Real Militar, por uma fábrica de tabacos e pela Companhia Industrial de Portugal e Colónia.
No século XIX, sofreu um enorme incêndio, que lhe destruiu a igreja, bem como parte do convento.
Em pleno século XXI, no ano de 2004, sofreu um outro grave incêndio.
Todavia, o seu espólio conta com relevantes vestígios de arqueologia industrial, sendo considerado como um Imóvel de Interesse Público.