Ya en el siglo XIX se pensaba en su construcción, pero por ser una obra de tal magnitud, no fue hasta 1940 cuando se inició su construcción, que se concluyó en 1962.
La obra se llevó a cabo por presos políticos de la dictadura franquista, a "pico y pala", siguiendo la política de Redención de Penas por el Trabajo, llegando a contar con 2.000 presos. A lo largo de su recorrido se jalonaban campos de trabajo como en Los Merinales, El Arenoso y La Corchuela en Dos Hermanas, asimismo los familiares también crearon los poblados de Torreblanca y Valdezorras, en Sevilla, Quintillo en Dos Hermanas o El Palmar de Troya, en Utrera.
En el año 2006 a el tramo comprendido entre La Rinconada y Dos Hermanas se le cambió la denominación por "Canal de los Presos".