Das heutige Wohngebiet Karl-Marx-Straße entstand 1936 als Wohnlager für die Beschäftigten der neu entstandenen RüstungsbetriebeLuftmunitionsanstalt (MUNA) und Deutsche Sprengchemie GmbH mit den Tarnnamen Seewerk.
Nach dem Zweiten Weltkrieg (ab 1952) begann die Entwicklung Eggesins zur Garnisonsstadt mit der Stationierung von Einheiten derKasernierten Volkspolizei, danach der Nationalen Volksarmee. In der DDR-Zeit war Eggesin, sowie das benachbarte Torgelow für Tausende von Wehrpflichtigen das Synonym für die Armee schlechthin. Der Garnisonsort Eggesin mit dem südlich liegenden, ca. 80 km² großen Truppenübungsplatz Jägerbrück, wird heute von der Bundeswehr (Artilleriekaserne Karpin, Stettiner Landstraße) militärisch genutzt. In den 1950er Jahren entstanden Einrichtungen wie Landambulatorium, Apotheke, Post und Polytechnische Oberschule (POS).
Am 7. August 1966 bekam Eggesin anlässlich seiner 750-Jahr-Feier das Stadtrecht und sein erstes Stadtwappen (das neue Stadtwappen führt Eggesin seit 1993). Das Elektromotorenwerk nahm 1971 seine Arbeit auf. In den 1970er und 1980er Jahren wurden 896 Plattenbau-Wohnungen (Matern- und Lindenstraße), das Rathaus-Mehrzweckgebäude, sowie zwei neue Schulen gebaut.
Eggesin hatte seit der politischen Wende mit vielfältigen Problemen umzugehen. Der Wegzug vieler junger Einwohner und die Schließung großer Kasernenteile brachte in dieser strukturschwachen Gegend eine hohe Arbeitslosenquote. Der immense Wohnungsleerstand (512 Wohnungen im Jahr 2002) führte dazu, dass ganze Häuser-Straßenzeilen abgerissen bzw. in Form eines Pilotprojektes zurückgebaut und umgestaltet wurden.
Seit 1991 wurde der historische Stadtkern im Rahmen der Städtebauförderung gründlich saniert; das Stadtbild hat sich stark verbessert. Es entstanden ein neuer Marktplatz, neue Gaststätten, ein Einkaufszentrum (Randow-Passage), das Schüler- und Freizeitzentrum, ein Hotel, ein Ärztehaus, Kindertagesstätte, Sparkasse, eine neue Schiffsanlegestelle an der Randow, der Waldsportplatz Karpin, eine Begegnungsstätte der Senioren, das Sport- und Erholungscenter „Move“ und die berufliche Schule des Landkreises Vorpommern-Greifswald. Die Fachwerkkirche und viele Häuser im Stadtkern wurden inzwischen saniert, Eigenheime und Reihenhäuser entstanden neu. Eggesin hat damit heute ein deutlich angenehmeres Aussehen als früher. Für seine vorbildliche stadtplanerische Zusammenarbeit mit den Städten Ueckermünde und Torgelow wurde Eggesin 2002 in einem Bundeswettbewerb vom Bund ausgezeichnet.
Anfang 2001 kam es in Eggesin zu mehreren Protestaktionen (Kundgebungen, Mahnwachen, Straßenblockade) gegen die Pläne zur Schließung der Garnison (Artilleriekaserne Karpin) im Zuge der Bundeswehrreform.
In den letzten Jahren wurde die neue Randowbrücke errichtet, ein neues Feuerwehrhaus übergeben und die Turnhalle der Ganztagsschule renoviert.
Im Frühjahr 2007 wurde der Ausbau des Kreuzungsbereiches Bahnhofsstraße/Stettiner Straße abgeschlossen. Am 20. Juni 2007 wurde das neue Rathaus der Stadt im umgebauten Forsthaus feierlich eingeweiht. Der original erhaltene Vierseitenhof des Forstgebäudes bildet somit zusammen mit dem Rathaus, der Blaubeerscheune als Veranstaltungsort, dem Kulturwerk Vorpommern e.V. und der Polizeistation das neue kulturelle und öffentliche Zentrum der Stadt.
Seit 2008 ist Eggesin Sitz der Naturparkverwaltung „Am Stettiner Haff“.