EN Lankeliškių bažnyčiai 1609 m. dovanoti 3 valakai Lankeliškių ir 3 valakai Skerpievių kaimuose. Nuo 1612 m. pradėtos rašyti metrikų knygos. Apie 1763 m. supuvusiai bažnyčiai pakeisti sienojai. 1805 m. griūvančioje bažnyčioje uždraustos pamaldos, pastatyta laikina stoginė. 1817 m. pastatyta nauja mūrinė bažnyčia. Ją 1845 m. konsekravo Seinų vyskupas Povilas Strašinskis. XVIII a. pab.-XIX a. pirmojoje pusėje su pertraukomis veikė parapinė mokykla. 1907 m. įsikūręs „Žiburio“ draugijos skyrius 1908 m. įsteigė biblioteką - skaityklą. 1912–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. Klebono Vaclovo Balsio rūpesčiu 1937 m. pastatyta parapijos salė.
1941 m. birželio 22 d. traukdamiesi raudonarmiečiai V. Balsį ir su juo buvusį Marijampolės gimnazijos kapelioną vikarą Joną Petriką bei Vilkaviškio kunigų seminarijos profesorių Justiną Dabrilą suėmė ir nuvežę į netoliese esantį Budavonės mišką žiauriai nukankino[1]. V. Balsys palaidotas šventoriuje. Parapijiečiai pastatė paminklą kankiniams, bet 1944 m. grįžus sovietams jis susprogdintas ir oficialiai paskelbta, kad kunigus nukankino naciai. 1944 m. vokiečiai bažnyčią susprogdino. 1948 m. pastatyta laikina medinė bažnyčia.
1989 m. atstatytas paminklas kankinimų vietoje, jį pašventino vyskupas Juozas Žemaitis.
EN Lankeliškiai church exist from 1609. From 1612 written metrics book. At 1763 rotten church renovated, but at 1805 at crumbling church was prohibited worships. Was built tempiority shed. 1817 was built new masonry church. At 1845 it was consecrated by Seinai bishop Povilas Strašinskis. XVIII - XIX century there were parochial school. 1907 ,,Žiburys'' association opened here librarry. 1912 - 1914 here worked linhuanians cottalics sobriety assotiation. 1937 with parson Vaclovas Balsys support was puilt parrapy hell.
1941 july 22 soviet solgers arested V. Balsys and other two pastors wisited here this day and very brutual killed them in Budavonė forrest. V. Balsys is berried in Lankeliškiai churchyard. 1944 german solgiers blasted this church. 1948 was built new temporary church building.