Według różnych źródeł już w XV lub XVI w. była w Okocimiu kaplica, w której odprawiano nabożeństwa dla jego mieszkańców. W roku 1634 zastąpiona została ona niewielkim drewnianym kościółkiem, wzniesionym z fundacji Stanisława Czernego, przy którym ksiądz Kretkowski, wikariusz generalny krakowski ustanowił kapelanię należącą do parafii w pobliskiej Porębie Spytkowskiej.
Własnej parafii Okocim doczekał się dopiero w 1888 r. po wybudowaniu obecnego kościoła. Został on wzniesiony w latach 1884-1885 w oparciu o projekt cieszyńsko-wiedeńskiego architekta Maxa Schwedę. Jest to obiekt w całości murowany z ciosów jasnego piaskowca w stylu neogotyckim nawiązujących do tradycji średniowicznych świątyń kamiennych. Gotyckość kościoła wyrażona jest zarówno poprzez strzelistość form architektonicznych, kamienną fakturę elewacji, jak i bogaty wystrój architektoniczny i rzeźbiarski.
Konsekracji dokonał biskup tarnowski Ignacy Łobos. Stało się to 27 lipca 1891 r. W kaplicy Kościoła znajdują się dwa epitafia Goetzów. Jedno z nich poświęcone zostało Janowi Ewangeliście Goetzowi, właściwemu założycielowi okocimskiego browaru i fundatorowi kościoła. Drugie, odlane w brązie umieszczono na zachodniej ścianie kaplicy. Podobne do poprzedniego poświęcone zostało Janowi Albinowi Goetzowi, synowi Jana Ewangelisty. Poświadcza to jego wizerunek oraz widniejąca pod nim inskrypcja: "Jan baron Götz Okocimski, urodzony 18 lipca 1864, zmarł 24 kwietnia 1931. Projekt i model epitafium Jana II Goetza wykonał wybitny krakowsko-rzymski rzeźbiarz Antoni Madeyski (1862-1939).
