Otro de los lugares emblemáticos de nuestro Linares ha sido y es la Plaza de San Francisco; junto a la que fuera la iglesia del Convento de San Francisco, hoy parroquia, podemos reseñar algunas de las reformas que ha ido sufriendo, muy coincidentes con el desarrollo urbano de la ciudad.
Corría el año 1554, cuando los franciscanos deciden establecerse en Linares. Construyen un convento en un solar cedido por el Cabildo de la Villa, este solar se extendía desde la actual Parroquia de San Francisco a través del camino de Úbeda (actual calle Viriato) y el primer tramo de la calle Sagunto, llamado entonces "Callejón de los Frailes".
Según documentos y en algunos planos existentes, desde el siglo XVI, la plaza de San Francisco, empezó a llamarse así cuando Linares aún es Villa. La Villa crece y se extiende desde la calle Pontón, Ventanas y San Francisco.
El riachuelo "Moredillas" comenzaba aquí, junto al convento. De aguas procedentes de la zona alta de Linares y sobre todo de las sobrantes de los regadíos de las huertas, que existían desde San Francisco, hasta la Plaza de Colón.
Entre la calle Ventanas y San Francisco, se encontraba una cruz de piedra tallada. Cerca de ella se encontraba un puente para poder acceder al convento y al camino de Úbeda, tuvo que ser de una dimensión importante al igual que el existente en las Ocho Puertas, ya que por el podían cruzar carruajes. En el convento se estableció la primera escuela con la que contó la Villa de Linares.
En 1808, durante la Guerra de la Independencia, se instalan los franceses en el convento de San Francisco, obligando a los monjes a mudarse a domicilios particulares. En 1836 el convento ya cedido al Ayuntamiento, se convierte en hospital de caridad. La Iglesia se conserva, porque es cedida a Santa María como ayuda a la parroquia, ya que Linares ha ido creciendo y solo existía una parroquia. En 1893 San Francisco llega a ser parroquia independiente.
En 1890 durante el plan de ensanche, desaparece la Huerta de los Frailes y se realiza el trazado urbano de la calle San Joaquín. Las dependencias del hospital se ceden a la Guardia Civil para ser utilizado como cuartel, y que abandonarán, cuando se construye la casa cuartel en la calle Tetuán.
En 1927 se derriba en edificio del hospital y se construye el Palacio de Telecomunicaciones, dejando su domicilio anterior en la calle Sagasta.
En la actualidad, en el centro de la plaza se encuentra en monumento a la Inmaculada Concepción de María, obra del escultor Palma Burgos, obra que data de 1954. La imagen se encuentra sobre un capital decorado por ángeles y sustentado por un pilar. La escultura es de mármol blanco pulido y el pilar de piedra caliza. La imagen está rodeada de unos jardines con cuatro surtidores de agua.
Su interior es de una sola nave rectangular, construida en el siglo XVII, con capillas laterales y cúpula de medio cañón articulada con falsos arcos y lunetos, estando decorada con pasajes de la vida de San Francisco. Un arco carpanel sostiene el coro. Cuatro capillas con bóvedas ovaladas sobre pechinas le fueron añadidas en la década 1720-1730 y posteriormente otra más. Destaca el bello retablo del barroco andaluz (S. XVII).
La fachada principal, obra de Eufrasio López de Rojas, es de estilo barroco y abre en arco de medio punto con clave ornamentada flanqueado por columnas dóricas que sostienen un frontón partido decorado con triglifos y metopas; sobre éste, una pequeña hornacina con arco de medio punto que acoge una escultura en piedra de San Francisco. Remata el conjunto con vanos arqueados y cruz de forja