Um campo existente no limite urbano de Ota constituiu-se como instrumento base para a formação do Ota Futebol Clube, no decurso do ano de 1947, impelida por Armando Bejinha, Francisco Cabaço, Joaquim F. Menino e Valdemar Henriques Santos.
Posteriormente o campo foi ocupado pela Escola Primária, atitude que induziu os responsáveis à procura de um outro. D. Ascenso Siqueira, dono de uma propriedade na Serra da Aldeia, após ter sido contactado, emprestou uma parcela de terreno capaz de garantir a continuidade do Ota Futebol Clube. Actualmente funciona ali uma pecuária.
Onze anos após a sua formação, O Ota Futebol Clube é legalizado. Em 4.11.58, o Governo Civil do Distrito de Lisboa, emitiu um Alvará dando forma jurídica à colectividade.
A data passaria a ser considerada como a da sua fundação.
No novo campo ocorrem, regularmente, encontros de futebol de onze, com a presença de equipas conceituadas. Destas sobreleva o Atlético Clube de Algés que venceu a equipa anfitriã por 6 bolas a uma, em 1962. O Ota Futebol Clube participa, também, em múltiplos torneios organizados no concelho, nos quais obteria qualificações diversas. Pelo seu simbolismo, o Clube regista o torneio que venceu sem derrotas, sem derrotas, em 1963, no qual estava em disputa a Taça Natal Viana, nome de um atleta do Sporting Clube de Alenquer, falecido em acidente de viação. O encontro realizou-se em Alenquer, no antigo campo do Sporting. Para além desta colectividade e do Ota Futebol Clube, participaram as equipas do Sport Alenquer e Benfica, União Clube de Olhalvo, Académica de Alenquer e a Associação Desportiva do Carregado, que seria vencida pelo Ota Futebol Clube por 9 a 1. Vicissitudes de ordem diversa, levam o Clube a abandonar o campo de futebol que utilizava por empréstimo.
Nos anos setenta, a Junta de Freguesia cede ao Ota Futebol Clube, um terreno localizado nas imediações do lugar. A este acto sucede a nomeação interna de uma Comissão, mandatada para estabelecer contactos tendentes a executar obras de construção do futuro campo. Constituem a Comissão, Armando Bejinha, Valdemar H. Santos, Joaquim F. Menino e Delfim Caetano, que pedem à Base Aérea de Ota e ao proprietário da Quinta da Torre, sr. Carmo, o equipamento mecânico para desaterrarem o novo espaço, de modo a torná-lo funcional para a prática do futebol.
Em 18 de Junho de 1978, o Parque de Jogos dos Linhais foi inaugurado. A juventude e a população em geral beneficiam e utilizam esta infra-estrutura, melhor localizada que a anterior. Formam-se, assim, equipas de juniores e seniores que têm o seu primeiro contacto internacional em 1982, ano em que se confrontam e são vencidos pela equipa francesa do Futebol Clube Doyen. Em 16 de Setembro de 1985, o Ota Futebol Clube deixa de existir. O Serviço Nacional dos Registos de Pessoas Colectivas não aceitou esta designação. Nasce, em alternativa, o Futebol Clube de Ota. No ano seguinte, em 26.FEV.86, os Estatutos da colectividade são publicados na III série do Diário da República, depois de terem sido aprovados pela Assembleia Geral do Clube. Em Outubro de 1987, o Campo de Jogos do Clube fica vedado, por exigência da Associação de Futebol de Lisboa, para dar seguimento à pretensão do Futebol Clube de Ota de promover provas oficiais. Em 1987 e 1988 o Clube participa, pela primeira vez, naquelas provas, na categoria de juvenis. A mesma equipa, elevada à categoria de juniores, disputa em 1990 e 1991, o Campeonato Distrital de Juniores e o Campeonato Distrital de Veteranos.
Em 3 de Setembro de 1988, ocorre o primeiro desafio de futebol de onze feminino. Participam as equipas do Atlético Clube da Avenida de Santarém e o Académico de Alvalade de Lisboa. Razões de ordem financeira retirariam o Clube destas provas. A electrificação do campo fica concluída em 7 Julho de 1990, data a partir da qual passou a ser utilizado à noite. Em 1992 vence o campeonato concelhio na categoria de seniores. Para além do futebol, o Clube ainda com a antiga designação de Ota Futebol, organizou provas de ciclismo, impulsionadas por João Ribeiro, ganhando, igualmente, relevância. A modalidade do atletismo é apoiada mas não tem o pendor das demais.
No Campo dos Linhais, já jogaram as equipas veteranas dos três grandes clubes da capital: Sport Lisboa e Benfica, Sporting Clube de Portugal e Belenenses Futebol Clube. Nos últimos anos o Futebol Clube de Ota tem participado no mini campeonato do Concelho de Alenquer, tendo vencido o mesmo em 2003, 2004 e 2006. Em 2005 venceu a Taça do Concelho de Alenquer, contra o Estribeiro por 3-1 e em 2006 venceu a Supertaça do Concelho de Alenquer contra a Sociedade Recreativa do Camarnal por 2-0. Ambas as finais foram jogadas no relvado sintético da Associação Desportiva do Carregado. Na época de 2006/2007 o Futebol Clube de Ota participa pela primeira vez na sua história no Campeonato Distrital da Associação de Futebol de Lisboa, na categoria de seniores, disputando a IIª divisão – série 1 onde terminou em 3º lugar a apenas 2 pontos do segundo classificado numa série de 14 equipas onde se destacou a equipa B do Torreense.
A bandeira do Futebol Clube de Ota é de fundo branco. O emblema é constituído por uma bola de futebol com as cores amarela e preta, sobreposta por uma cruz de Malta vermelha e branca. Orlam a bola os dizeres Futebol Clube de Ota e duas espigas verdes.
