Aujourd'hui il n'y a plus d'exploitation commerciale de la ligne. Cependant elle est utilisée par l'association "Chemin de Fer de la Vendée" qui participe depuis 1992 à la sauvegarde du patrimoine ferroviaire de la Vendée. Cette dernière propose des animations et des parcours en trains historiques, autorails et locomotive à vapeur, sur la section de Mortagne-sur-Sèvre aux Herbiers de l'ancienne ligne de Vouvant-Cezais à Saint-Christophe-du-Bois.
La section exploitée représente un distance de 22 km. En partant de Mortagne-sur-Sèvre (129 m d'altitude), la ligne suit les ondulations du plateau Choletais, pour atteindre la vallée de la Sèvre nantaise, qu'elle franchit par le viaduc de Barbin (situé à 135 m d'altitude). Elle entame ensuite sa première dure rampe, dans une profonde tranchée creusée dans la roche, pour atteindre Saint-Laurent-sur-Sèvre (159 m d'altitude). Après le palier de la gare, la ligne continue sa montée pour franchir une première colline avant de redescendre dans un petit vallon occupé par un ruisseau, le Blanc, qui va se jeter dans la Sèvre nantaise. Une fois le ruisseau franchi, la montée recommence jusqu'à la gare de Chambretaud (à 177 m d'altitude). La ligne, en palier dans la gare, reprend sa montée jusqu'à atteindre le seuil qui lui permet de franchir les Monts de Vendée. Ce passage se fait dans une profonde tranchée franchie par un pont-route. Ce pont-route marque le point le plus haut de la ligne à 190 m d'altitude : on l'appelle « pont des soupirs », car une fois franchi, le travail du chauffeur devient moins harassant. Puis, la voie descend vers le viaduc de Coutigny qui permet de franchir un profond val envahi par un étang. Les ailes des moulins du château du Puy du Fou sont visibles sur la gauche, en haut de la colline. Puis la ligne franchit un vallon par le viaduc de la Haute-Maunerie, avant d'arriver à la gare des Épesses (155 m d'altitude). La gare est en palier et se situe à près de 3 km de la commune. Le trajet continu de descendre vers Les Herbiers, où elle atteint la plaine. Elle laisse sur la gauche une large vue sur Saint-Michel-Mont-Mercure, et sur la droite le Mont des Alouettes (230 m) et ses moulins, haut lieu des Guerres de Vendée, sont visibles.
La lignes est composée de 4 gares (Mortagne-sur-Sèvre, Saint-Laurent-sur-Sèvre, Chambretaud, Les Herbiers) et d'une station (Les Epesses)
La partie Nord de la ligne, entre Mortagne-sur-Sèvre et Saint-Christophe-du-Bois, non exploitée commercialement, permet de rejoindre Cholet par le rail. Un petit ouvrage d'art est cependant en attente de réparation et les échanges techniques de matériels sont actuellement bloqués pour cette cause.
La partie Sud de la ligne, qui menait vers Chantonnay via Mouchamps et Saint-Vincent-Sterlanges est déposée au-delà du terminus des Herbiers. Son aménagement partiel routier et piétonnier permet néanmoins d'apprécier les paysages de la plaine bocagère Vendéenne.