Niinijoki on Loimijoen eteläinen sivujoki Loimaalla. Se saa alkunsa Kosken rajalta entisen Mellilän kunnan alueelta, jonka kaikki kylät sijaitsevat Niinijoen varrella, virtaa sitten entisen Loimaan kunnan alueella Niinijoen kulmakunnan kautta ja laskee Loimijokeen entisen Alastaron kunnan alueella. Joen valuma-alue on 223 km² ja valuma-alueen järvisyys 0,03 %. Pituus noin 34km, alkulähteen korkeus 92,5m.
Valtatie 9 ylittää joen Mellilässä ja seututie 213 Alastarolla