Veliuonos valdytojas Albertas Radvila 1641 m. pastatė koplyčią. Ją retkarčiais aptarnaudavo Naumiesčio karmelitai. Apie 1685 m. paskirtas nuolatinis kunigas, 1697 m. pradėtos rašyti metrikų knygos. 1703 m. minima maža bažnyčia, apipuvusiomis grindimis.
1788 m. ji sudegė, tais pačiais metais pastatyta nauja. Ją 1800 m. konsekravo Vygrių vyskupas Mykolas Pranciškus Karpavičius; įkurta parapija. Sudargo klebonas Petras Jucevičius 1822 m. paskyrė bažnyčiai 15 000 auksinų. XIX a. pirmojoje pusėje veikė parapinė mokykla. Sintautuose 1855–1863 m. klebonavo rašytojas Antanas Tatarė (1805–1889). Jis sutvarkė parapijos trobesius, apie 1860 m. suremontavo bažnyčią, įrengė 3 altorius, varpinę, nutapė paveikslų, nupirko varpą. A. Tatarė už 1863 m. sukilimo rėmimą ištremtas į Penzos guberniją. Amnestuotas be teisės grįžti į Lietuvą.
Bažnyčia 1907 m. sudegė. Nesulaukus valdžios leidimo, pradėta statyti laikina. Policija mėgino uždaryti be leidimo statomą maldyklą, tačiau gyventojai pasipriešino. Laikinoje bažnyčioje 1908–1909 m. neleista laikyti pamaldų (laikytos kapų koplyčioje). 1907 m. įsikūręs „Žiburio“ draugijos skyrius įsteigė biblioteką - skaityklą. 1909 m. pradėtos degti plytos naujai mūrinei bažnyčiai.
1913 m. pašventintas jos kertinis akmuo. Statybą sutrukdė karas. Kunigo Stanaičio rūpesčiu 1918–1922 m. bažnyčia pastatyta (pirmos pamaldos laikytos 1922 m. gruodžio 8 d.). 1920 m. įsikūrė pavasarininkų kuopa. 1944 m. rugpjūčio 13 d. vokiečių artilerija bažnyčią padegė ir stipriai apgriovė. Po Antrojo pasaulinio karo Sintautų klebonas Jonas Damijonaitis (1901–1949) areštuotas ir kalintas, mirė Vilniaus kalėjime.
Laikina bažnyčia 1950 m. įrengta parapijos namuose. Administratorius kunigas Antanas Maskeliūnas po 1971 m. ją suremontavo, 1977 m. pristatė bokštą, įvedė šildymą. 1989 m. gautas leidimas atstatyti mūrinę bažnyčią. 1990 m. kovo mėn. prelato Antano Maskeliūno iniciatyva pradėti bažnyčios atstatymo darbai. 1995 m. rugpjūčio 26 d. atšventinta atstatytoji bažnyčia.
Architektūra
Bažnyčia dvibokštė. Bokštai 48,7 m aukščio: 26 m mūro, virš jų 20 m smailės ir po 2,7 m aukščio kryžiai.