El Santuario de la Virgen de Arrate está situado en el monte Arrate, a 556m de altitud. Antiguamente era uno de los puntos de descanso de los peregrinos que recorrían el Camino de Santiago. Consta de una sola nave rectangular, con una bóveda artesonada de madera, de la que cuelga un exvoto marinero en forma de pequeño barco.
La Virgen de Arrate posee su propia leyenda. Según ésta, se apareció a un pastor y los habitantes decidieron erigir una basílica en su honor. Por la situación geográfica del monte, alejado del núcleo urbano, se decidió construir la iglesia en Azitain, lugar más apropiado, pero cuando habían comenzado las obras, una noche la Virgen se apareció en forma de ángel y trasladó todos los materiales de construcción desde Azitain hasta Arrate, ayudada por unos bueyes y haciendo tres paradas durante el camino, conocidos como los Pasos de la Virgen de Arrate, que actualmente están señalados con tres pequeños humilladeros. La misma leyenda narra que una mujer escuchó ruidos aquella noche, y vio una luz resplandeciente, y quiso ver a través de la cerradura de su casa lo que ocurría: vio a la virgen trasladar la fábrica de la obra, y su curiosidad le costó la vista de aquel ojo.
El himno en su honor dice:
En euskera:
Arrateko Ama, gure zaindari onena
gure herri dana hartu eta zaindu, Ama.
Zure semeak eskerrak iritsi dagiguz
danok zerura juan gaitezen, Ama, egizu.
En castellano:
Madre de Arrate, nuestra mejor cuidadora
coge a todo nuestro pueblo y cuídalo, Madre.
Tus hijos te damos gracias
haz por que todos vayamos al Cielo, Madre hazlo.
(Música de J.B. Gisasola)[]
Desde 1652 corona la cima de este promontorio herboso una gran cruz de piedra rodeada por 3 escalones. Existe la tradición que para encontrar pareja hay que dar tres vueltas a la cruz y rezar tres Credos. Justamente debajo de la cruz se ha localizado una "fuente ciega" prehistórica que tiene relación con los solsticios. Cerca de la cruz está el buzón de la cima y una placa que conmemora la primera vez que un vehículo automóvil rodeo la misma en 1924.