Sainte-Pezenne a pris le nom d'une jeune martyre, qui serait morte d'épuisement au VIIIe siècle, aux portes de Niort. Ses restes furent transportés dans le village, qui s'appelait alors Tauvinicus (ou Thorigné).
Le bourg s'est construit autour de l'église, bâtie à l'emplacement d'un lieu de culte païen. Il a gardé un caractère patrimonial très marqué.
Commune agricole spécialisée dans la culture maraichère, Sainte-Pezenne était réputée pour ses artichauts, ses oignons ou encore ses poires. A partir du début du XXe siècle, elle est aussi appréciée pour ses bords de Sèvre, où l'on vient pêcher ou se reposer. Sa fusion avec Niort date de 1965.
