Nachdem zwei Jäger in den immergrünen Wald des Einhorns kommen, in dem es nie Herbst wird oder Schnee fällt, stellt der ältere der beiden fest, dass sie auf Grund der Anwesenheit eines Einhorns dort niemals etwas erjagen werden. Das Einhorn belauscht ihn, als er in den Wald ruft, dass es bleiben soll, wo es ist und auf seinen Wald acht geben soll, da es das letzte sei. Das macht das Einhorn nachdenklich, da Einhörner nicht einfach so verschwinden.
Als dann ein Schmetterling Geschichten und Lieder vorträgt, fragt ihn das Einhorn, ob er andere wie es gesehen hätte. Daraufhin erzählt er ihm, dass sie vor langer Zeit verschwanden, gejagt vom Roten Stier.
Das Einhorn macht sich auf den Weg, diesen Stier und die anderen Einhörner zu finden. Unterwegs wird es im Schlaf von der Mommy Fortuna und ihrem Kuriositäten-Zirkus gefunden. Sie erkennt es, im Gegensatz zu den meisten Menschen, sofort als Einhorn und belegt es mit einem Bann. So fängt sie es und stellt es, mit einem extra für die Zuschauer versehenen für alle sichtbaren Horn, aus. Ihr Mitarbeiter, der unbegabte Zauberer Schmendrick, erkennt es jedoch ebenfalls und befreit es in einem günstigen Augenblick. Als es aus dem Käfig springt, fällt auch der Bann und somit das zweite Horn von ihm ab. Es lässt alle anderen Tiere frei, auch eine echte Harpye. Diese tötet Mommy Fortuna und ihren Mitarbeiter Rukh, während das Einhorn und Schmendrick sich davonschleichen.
Auf ihrem weiteren Weg wird Schmendrick von Räubern gefangen genommen. Durch einen eher ungeplanten Zauber von Schmendrick verlassen alle Räuber das Lager und er kann entkommen. Doch die Räuberbraut Molly Grue ist dort geblieben und entdeckt das Einhorn an seiner Seite. Sie erkennt es als Einhorn und beschließt mit ihnen zu gehen. Sie weiß auch, wo man angeblich König Haggard, der der Herr des Roten Stiers sein soll, finden kann.
Kurz vor der Burg des Königs, die auf einer Klippe steht, schlagen sie ihr Nachtlager auf, doch der rote Stier findet das letzte Einhorn und jagt es. Wieder nutzt Schmendrick seine Magie und befiehlt ihr zu tun, was sie will. So wird das Einhorn in ein Wesen verwandelt, welches den Stier nicht interessiert, einen Menschen. Sie setzen ihren Weg zu König Haggard fort und erzählen ihm, sie sei eine Verwandte von Schmendrick, mit Namen Lady Amalthea. Er zweifelt, spürt er doch, dass sie mehr ist. Er gibt Schmendrick und Molly eine Beschäftigung in seinem Hause. Während ihrer Tätigkeit dort forschen sie, wie sie zum Roten Stier gelangen könnten. Während Haggards Adoptivsohn Lír sich in Lady Almathea verliebt und alles tut, um ihr zu imponieren, wird diese nach und nach immer mehr zu einem Mensch; bis sie sich schließlich in Prinz Lír verliebt und nun für immer Mensch bleiben möchte, da sie so etwas wie Liebe nie kannte. Die Katze des Hauses gibt schließlich den entscheidenden Tipp, ein Gerippe im Keller zu überlisten, um durch eine Zauberuhr in die Höhle des Stiers zu gelangen. Der Stier entdeckt sie in seiner Höhle und erkennt nun auch, dass die Lady ein Einhorn ist. Er jagt sie und die anderen. Als sie plötzlich stolpert, sieht Schmendrick als einzige Rettungsmöglichkeit ihre Rückverwandlung. Er nutzt diesmal bewusst seine Magie und wird dadurch ein wirklicher Zauberer, wie er es sich immer gewünscht hat.
Das Einhorn und seine Begleiter fliehen aus der Höhle und der Stier stellt sie am Strand unterhalb der Burg. Er jagt das Einhorn, das sich anscheinend nicht wehren will und aufgegeben hat, am Strand entlang, als Prinz Lír beschließt es zu retten. Er stellt sich dem Stier entgegen, stirbt aber fast sofort durch dessen Angriff. Dieser Schock bringt das Einhorn dazu, gegen den Stier anzutreten. Es treibt ihn immer weiter ins Meer, was die gefangenen Einhörner, die man bis dahin nur als Narwale unterm Fenster von König Haggard gesehen hatte, beobachten. Erst als der Stier aufgibt und in den Wellen verschwindet, trauen sich sämtliche Einhörner von den Wellen auf den Strand zu springen und zurück zu ihren Wäldern zu laufen. Das Getrommel der riesigen Masse an Einhörnern und wahrscheinlich auch das Verschwinden des Stiers und dessen Magie bringt die Burg zum Einsturz. Dabei stürzt auch König Haggard in den Tod. Währenddessen berührt das Einhorn mit der Spitze seines Horns den Mund des Prinzen, woraufhin er wieder zum Leben erwacht. Dann geht es davon.
Schmendrick und Molly reiten gemeinsam mit Prinz Lír und verabschieden sich dann von ihm. In der Nacht kommt das Einhorn noch einmal zu Schmendrick und erklärt ihm, dass es nun zurückkehren muss. Aber auch, dass es Angst davor hat, denn es hat Liebe empfunden und Leid. Als einziges Einhorn der Welt tut es das noch immer. Dann macht es sich auf den Rückweg zu seinem Wald, wo es schlussendlich erwartet wird.
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