Budowa kościoła rozpoczęła się na wiosnę 1884 roku. Poświęcenie kamienia węgielnego przez ks. Hrubego z Bielszowic odbyło się z wielką uroczystością 16 maja 1884 roku. Patronem nowego kościoła wybrano św. Franciszka z Asyżu, którego kult szerzył się na Górnym Śląsku przez O.O. Franciszkanów z Góry Świętej Anny. Mimo, że dzień poświęcenia kamienia węgielnego obfitował w rzęsisty deszcz to zaborzanie przeżyli go w bardzo podniosłym nastroju. Zaborzanie nie musieli długo czekać na swoją świątynie, bo budowa trwała 1,5 roku przy współpracy z mieszkańcami. Neogotycki styl wysoko-sklepiennej świątyni, podpartej z boków nawy głównej pięcioma filarami na każdej stronie, nadawał zaborskiemu kościołowi urok świątyni z późnego średniowiecza. Wieża kościoła wzniosła się na wysokość 67 metrów. Pojemność kościoła miała służyć każdorazowo czterem tysiącom wiernych zgromadzonych na nabożeństwa.
Jesienią 1885 roku stanęła gotowa budowla nowego kościoła. Tego samego roku w październiku poświęcono najpierw cmentarz, bo jeszcze pracowano nad ukończeniem robót przy kościele. Benedykcja kościoła odbyła się 9 listopada 1885 roku, kiedy pierwszy raz zaśpiewano w nowej świątyni "Oto Pan Bóg przyjdzie". Na terenie Zabrza stanęła neogotycka świątynia, która dla każdego zaborzanina stanowiła wartość dotychczas niespotykaną. Kościół był dziełem polskiego Ślązaka - budowniczego J. Kowolika z Bytomia. Jest on wysoko sklepiony, trójnawowy, przedzielony od prezbiterium transeptem w kształcie krzyża. Nawa główna jest przedzielona od dwóch naw bocznych z lewej i prawej strony filarami (po pięć z każdej strony). Z obu boków prezbiterium dołączają się zakrystie, prawa dla kapłanów, lewa dla ministrantów. Nad zakrystiami mieszczą się dwa boczne chóry, dziś nieużywane. Chór główny gdzie stoją organy mieści się nad bramą główną od strony wieży kościoła.
Trzy gotyckie długie, pionowe witraże w prezbiterium przedstawiają w środku Matkę Boską z Dzieciątkiem Jezus w otoczeniu dwóch Aniołów – obraz chwytający za serce każdego wstępującego do świątyni. Lewy witraż przedstawia św., Karola Boromeusza i św. Wincentego a Paulo. Prawy witraż. - św. Józefa z lilią. Ołtarz główny przedstawia w środkowym obrazie scenę wizji św. Franciszka przed ukrzyżowanym Panem Jezusem. Dwa obrazy, których dziś już nie ma w kościele przedstawiały z lewej strony - św. Barbarę, a prawy - św. Elżbietę. W prawym rogu transeptu stoi zaborska chrzcielnica, a w jej pobliżu była figura św. Teresy od Dzieciątka Jezus. Ołtarz prawy był poświęcony Najświętszemu Sercu Jezusowemu, a lewy Najświętszej Marii Pannie. Po lewej stronie nawy głównej stoi gotycka ambona z czterema płaskorzeźbami Ojców Kościoła. Przy każdym filarze stoi postać o naturalnym wzroście. Po lewej stronie od ołtarza stoją kolejno; św. Piotr, św. Urban, św. Franciszek, po prawej natomiast stronie: św. Paweł, św. Barbara i św. Antoni. Przy samym zaś ołtarzu znajdują się postacie św. Józefa i Matki Boskiej z Dzieciątkiem Jezus.
Na chórze znajdują się organy, które są dziełem firmy Berschdorf z Nysy. Uświetniały nabożeństwa po wprowadzeniu prądu elektrycznego w Zaborzu w 1896 roku i po dziś dzień służą w parafii ku chwale Bożej i zbudowaniu dusz modlących się parafian. W październiku 1896 roku zawieszono dzwony, dzieło firmy Geittner z Wrocławia. Jednak padły one ofiarą konfiskaty na rzecz wojny w 1917 roku. Kolejną ozdobą, jaką otrzymał kościół św. Franciszka była Droga Krzyżowa, która była dziełem artysty malarza Tahrota. Kanonicznej konsekracji kościoła parafialnego dokonał książę biskup kardynał Jerzy Kopp dopiero 6 maja 1896 roku.
Gdy Zaborze stało się oficjalnie wsią parafialną, rządy pierwszego proboszcza zaborskiego z woli ks. bp. kard. Jerzego Koppa – objął zasłużony dla Zaborza – dotychczasowy kuratus z Rudy Śląskiej, Teofil Schöneich. Zasłynął on jako gorliwy duszpasterz, który mówił językiem polskim i dzięki temu bardziej "trafił do ludzi", którzy na skutek nowoczesnego, gwałtownego rozwoju przyczyniali się często do zepsucia obyczajów - pijaństwa, rozwiązłości i kradzieży. Ks. Proboszcz swoją działalność rozszerzał w każdą stronę. Dzięki temu zadbał on o potrzeby charytatywne. Obok plebani zbudował i ufundował szpital św. Józefa, do którego obsługi powołał siostry Boromeuszki z Trzebnicy. Została też wybudowana ochronka dla dzieci przedszkolnych. Nowa parafia stawiała przed swym proboszczem wielkie zadania duszpastersko-organizacyjne, nauczycielskie i społeczno-charytatywne. Powstał również III Zakon Św. Franciszka, stowarzyszenie Matek Chrześcijańskich, Róże Różańca oraz wiele innych małych wspólnot działających na terenie parafii. Liczba ludzi na Zaborzu zaczęła wzrastać, co można zauważyć, bo w 1888 roku było ok. 14 tysięcy, a w 1913 roku, za czasów urzędowania ks. Teofila zwiększyła się do 27 tysięcy. Ważne wydarzenia dla parafii miały miejsce w dniach od 21 do 23 maja 1889 roku, bo w tych dniach przyjmowano po raz pierwszy ks. Biskupa kardynała Jerzego Koppa. Został również udzielony sakrament bierzmowania 6 tysiącom osób.
W 1917 roku kościół św. Franciszka został ogołocony z dzwonów, które zamiast dzwonić na chwałę Bogu i ku radości dumnych z nich parafian - zostały przetopione na armaty. Plebiscyt na Śląsku zostawił Zaborze po stronie Niemiec, co wywołało lokalną wędrówkę ludności: część ludności polskiej przeszło na stronę Polsce przynależnych miejscowości: Rudy, Bielszowic, Pawłowa, Wirku, Makoszów. Ludność Zaborza wzrosła do liczby ponad 31 tysięcy osób, gdyż osiedliła się tam ludność proniemiecka ze strony Polskiej. Działalność ks. proboszcza Józefa Benka przypadła na bardzo trudne czasy, ale mimo tego nie poddał się i służył godnie Bogu i bliźnim. 26 września 1913 roku biskup kardynał Jerzy Kopp udzielił przywileju uzyskania odpustu zupełnego: w święto patrona św. Franciszka i w trzecią niedzielę po Wielkanocy. Jednym z pierwszych wyczynów powojennych ks. radcy J. Benka było sprawienie nowych dzwonów, które poświęcono 7 grudnia 1919 roku. Dzwony uroczyście witały 6 maja 1920 roku przebywającego z okazji apostolskiej wizytacji ks. kardynała Adolfa Bertmana, który udzielał sakramentu bierzmowania w kościele św. Franciszka.
Jednak czas biegł dalej i świątynia wymagała nowej dekoracji, bo ostatnia pochodziła z lat 1912-13. Ponownego wymalowania dokonał mistrz Józef Blaszczyk w latach 1921-22. Odtąd widniały na ścianach prezbiterium cztery podobizny ewangelistów.
Po wojnie w teren cmentarza włączono groby poległych żołnierzy niemieckich i zmarłych cywilnych ofiar. Brama cmentarna została przeniesiona o kilkadziesiąt metrów dalej w kierunku Zaborza wsi. Kolejnym smutnym wydarzeniem dla parafii był huragan, który silnie nawiedził Zabrze 10 sierpnia 1948 roku. Wskutek tego padł gotycki drewniano-belkowy hełm wieży kościelnej na dach kościelny, druzgocąc swym silnym uderzeniem połowę dachu kościelnego. Kościół utracił wieżę i dzwony. Jednak ks. proboszcz zastąpił je megafonem, który transmitował nagrane obce dzwony kościelne.
Ks. Weber w 1951r. postarał się o nową dekorację, którą wykonał malarz Marian Konarski z Krakowa. Umieścił on w prezbiterium freski przedstawiające sceny z życia św. Franciszka, wyobrażonego jako mnicha oswajającego wilka, jako romantyka śpiewającego z ptaszkami hymn na cześć Ojca Niebieskiego, jako leczącego chorego człowieka oraz scenę pożegnania świata i braci zakonnych przed śmiercią. Również w tym roku zakupiono 4 dzwony z dowolnych składek parafian, a 1954r. dokupiono piąty. Miały one napisy ku czci Chrystusa Króla, św. Franciszka, Królowej Pokoju, Serca Jezusowego i św. Józefa. W 1953 roku zbudowano dwa nowe, boczne ołtarze w stylu gotyckim, poświęcone Matce Boskiej Częstochowskiej i Miłosiernemu Panu Jezusowi.
Bardzo ważne wydarzenie dla całej parafii miało miejsce 28 kwietnia 2000 roku. Dar Jubileuszowy stanął na swoim miejscu, tzn. osadzono wieżę z wieżyczkami. Było to wydarzenie nie tyle na skalę parafii, ale i kraju. Zjechało się wielu gości oraz prasa, radio i telewizja. Wywiadów udzielano "na prawo i lewo". Oczywiście najczęściej rozmawiano z ks. proboszczem Andrzejem Iwaneckim. Pojawili się tam też prywatni kamerzyści i fotografowie, którzy chcieli uwiecznić to wydarzenie. Po 52 latach kościół św. Franciszka odzyskał swój poprzedni wygląd, swoją dawną świetność.
W 2006 roku przeprowadzono remont i malowanie wnętrza.
(źródło: strona internetowa parafii)