Kolej w Ostródzie ma dość długą historię. Dzięki budowie w latach 1871-1873 linii kolejowej Toruń-Wystruć (Insterburg, obecnie Czerniachowsk w obwodzie kalinigradzkim), również Ostróda uzyskała połączenia kolejowe. Pierwszy pociąg z Torunia oficjalnie zawitał na ostródzkim dworcu 1 grudnia 1872 roku, jednak już w sierpniu z Iławy przyjechała lokomotywa. 15 sierpnia 1873 roku oddano do użytku drugą część linii prowadzącą z Ostródy do Olsztyna i dalej do Wystruci.
Najintensywniejszy rozwój kolei w Prusach Wschodnich przypadał na koniec XIX i początek XX wieku. W trakcie budowy linii Elbląg-Zalewo-Ostróda-Olsztynek, jedno z biur budowy mieściło się właśnie w Ostródzie.
Od 1888 roku z Ostródy można było dojechać do Olsztynka, kolei od 1893 roku działała linia do Elbląga i Malborka, która wiodła przez Miłomłyn i Zalewo. W 1909 roku kursowały pociągi przez Morąg do Ornety, a rok później możliwe było dotarcie do Działdowa (przez Samborowo i Dąbrówno).
Wkrótce nowa magistrala stała się częścią międzynarodowego szlaku łączącego Paryż z Petersburgiem. Na uwagę zasługuje fakt, że w tamtych czasach Ostróda była uważana za wiele ważniejszy punkt na mapie kolejowej niż Olsztyn. Dlatego też w Ostródzie dworzec budowano z większym rozmachem (miał swój kolejowy urząd pocztowy czy bardzo chwalona restauracja) oraz wybudowano zakład naprawczy kolei i zajezdnię lokomotywową. Na przełomie wieków uruchomiono również wagonownię, a następnie naprawami objęto również tabor towarowy.
O istotnej roli Ostródy na szlakach kolejowych niech świadczy fakt, że regularnie w latach 1890-1913 koleją z Berlina, przez Ostródę podróżował król pruski i cesarz Wilhelm II.
Ciekawym zabytkiem architektury kolejowej są na pewno dwie wierze ciśnień. Jedna mieści się niemal naprzeciw dworca, druga za to stoi w pobliżu budynku parowozowni. Niestety obie wieże nie są dostępne do bliższego zwiedzania, gdyż znajdują się na prywatnych posesjach.
W latach 2013-2014 budynek dworca przeszedł kapitalny remont zarówno w środku jak i na zewnątrz. Oprócz pełnienia swojej podstawowej fukcji, czyli obsługi podróżujących koleją, budynek zyskał kilku nowych lokatorów. Na szczególną uwagę zasługuje Stowarzyszenie Inicjatyw Możliwych RzeczJasna, ktore organizuje wiele darmowych zajęć i warsztatów.
Budynek dworca na początu XX wieku
Budynek dworca w maju 2015 roku
Budynek dworca przed II woją światową, widok z ulicy 11 listopada
Budynek dworca w maju 2015 roku, widok z ulicy 11 listopada