Il tempio sorgeva nell'antica borgata detta Polichne, in posizione panoramica, leggermente sopraelevato. La costruzione, d’ordine dorico, si presentava davvero imponente, con sei colonne nel prospetto e diciassette nei fianchi, tutte monolitiche. La monumentalità dell'impianto era accresciuta da una seconda fila di colonne dietro quelle della facciata. La cella era poi preceduta da un pronao e seguita da un áditon.
Della grande struttura (che misurava metri 20,50 x 60) oggi rimangono solo una parte del crepidoma e due colonne del lato sud che, dal Settecento in poi, hanno caratterizzato buona parte delle vedute del porto e di Siracusa.
E' il secondo tempio più antico di Siracusa dopo quello di Apollo in Ortigia e viene anche chiamato comunemente dai siracusani il tempio "re' du culonne", per la presenza di sole due colonne superstiti.
Le due colonne doriche scanalate attuali si trovano all'angolo SE e sul lato meridionale, ed hanno ispirato i viaggiatori del 1700 e del primo Ottocento, i vedutisti tardo romantici, ed anche gli artisti del nostro tempo (fino al tardo Settecento rimanevano erette otto colonne monolitiche).
Dal '700 in poi, hanno caratterizzato buona parte delle vedute del porto e di Siracusa. Da esso,infatti, si ha la veduta completa del Porto grande, delle Saline, di Ortigia e del Plemmirio.
Non a caso per i Greci, questo tempio era un riferimento per i naviganti che entravano o uscivano dal porto di Siracusa.
Presso il tempio si accamparono gli Ateniesi, a più riprese i Cartaginesi e infine i Romani nelle loro guerre di conquista contro Siracusa.