El origen de La Cartuja de Miraflores se remonta al año 1442 cuando el rey Juan II de Castilla (1405-1454) dona a la Orden de la Cartuja un palacio de recreo, que fuera erigido por su padre Enrique III en 1401, para que lo habilitaran como monasterio.
Monjes de las cartujas de Scala Dei y de El Paular fundaron la comunidad de Miraflores y reformaron las dependencias. Diez años más tarde (1452), la estructura sufrió un voraz incendio que obligó a plantear un edificio de nueva planta encargado a Juan de Colonia arquitecto de la Catedral de Burgos, que diseñó los planos y encaminó la construcción.
Con la muerte del rey Juan II, las obras de la iglesia se detuvieron hasta su finalización en 1488, durante el reinado de Isabel la Católica, gran promotora del monasterio