El Monasterio fue fundado en 1171 por el rey Fernando II de León. El rey lo asignó a los monjes de la Orden del Premostratense por la ayuda prestada en la Batalla de La Paloma, librada en los terrenos de la finca, contra el poder musulmán. De la época medieval sólo quedan restos de una torre de ladrillo estilo mudéjar, donada a la Orden por el Caballero Don Gonzalo de Coria, Alguacil del rey Fernando II. Con el paso del tiempo se realizan sucesivas obras de mejora hasta que en 1590 se construye la fachada de la iglesia que aún se conserva. Donaciones como las de Doña María Adán, cuya efigie yacente figura a la entrada, consolidan el Monasterio como uno de los más ricos de la Orden en España. Durante el siglo XVI, la Orden ejercía el derecho de asilo en el llamado Patio de las Cadenas, que aún se conserva, donde se sentaban los menesterosos a esperar la sopa boba. En 1755 el Monasterio sufre importantes destrozos como consecuencia del terremoto de Lisboa. La restauración corrió a cargo del arquitecto Sagarvinaga, creador del magnífico claustro de arcos de medio punto, el crucero de la iglesia y la capilla Mayor. En la Guerra de la Independencia, el Monasterio fue ocupado por Cuerpos del Ejército de Napoleón con el fin de expulsar de la Península a las tropas inglesas del Duque de Wellington. Durante el sitio francés a Ciudad Rodrigo en 1810, el Monasterio fue el Cuartel General de dos de los más laureados Mariscales de Napoleón, el Mariscal Ney, duque de Elchingen, y el de dicho Ejército, el Mariscal Masséna, Principe DÉssling, Duque de Rivoli. En 1835 el Monasterio pasa a manos privadas en el proceso conocido como Desamortización de Mendizábal. 140 Abades presidieron la vida del que fue uno de los conventos más importantes de Salamanca.