Sembra che già verso la metà del XIII secolo esistessero a Viterbo studi itineranti, presso i quali si insegnavano le discipline del trivio e del quadrivio. Nell'anno 1546 fu fondato uno "Studium" per volontà di papa Paolo III Farnese. Questo Studio, che istituiva le cattedre di logica, filosofia, giurisprudenza e medicina, ebbe come sede il Palazzo dei Priori e funzionò, sia pure con qualche breve interruzione, fino al 1581. Più tardi, ai primi dell'Ottocento, fu istituita a Viterbo una scuola medico-chirurgica a livello universitario, che comprendeva anche una cattedra di fisica e chimica. La clinica universitaria, che ebbe sede presso l'Ospedale Grande degli Infermi, funzionò fino al 1853, quando, a seguito della bolla "Quod divina sapientia" diLeone XIII, che riordinava gli Studi dello Stato Pontificio, venne soppressa.
Nel 1969, veniva istituita la Libera Università della Tuscia, con le Facoltà di Magistero, di Economia e Commercio e Scienze Politiche, soppressa nel 1979. I ripetuti tentativi della cittadinanza di fare di Viterbo la sede di un Ateneo sono stati coronati da successo con la creazione dell'Università Statale degli Studi della Tuscia, istituita con legge 3 aprile 1979, n. 122.
Nell'anno accademico 1980/1981 è stata attivata la Facoltà di Agraria e nel 1983, la Facoltà di Lingue e Letterature straniere moderne. Nel 1987 è stata attivata la Facoltà di Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali con il corso di laurea in Scienze Biologiche, nel 1990 la Facoltà di Conservazione dei Beni Culturali con l'omonimo corso di laurea e nell'anno accademico1991/1992, la Facoltà di Economia con il corso di laurea in Economia e Commercio. La Facoltà di Conservazione dei Beni culturali è stato il primo corso di laurea con tale denominazione in Italia. Nell'anno accademico 2002/2003 è stata attivata la Facoltà di Scienze Politiche.
A seguito della legge di riforma dell'università approvata dal Parlamento nel dicembre 2010 (L. 240/2010), dal 18 giugno 2011 le funzioni relative alla progettazione dell'offerta formativa nonché all'organizzazione e gestione della didattica sono state trasferite dalle Facoltà ai Dipartimenti. Dal 1º novembre 2011 le Facoltà sono state completamente sostituite dai Dipartimenti.