Głównym inicjatorem budowy janikowskiej cukrowni, uważanej za jedną z pierwszych w szeroko rozumianej Wielkopolsce, a na pewno najstarszej na Kujawach i Pomorzu, był dr Zygmunt Wilkoński, słynny twórca uzdrowiska w Inowrocławiu tzw. „Solanek”. Impulsem do działania były wyniki badań chemicznych buraków, prowadzonych przez aptekarza i chemika Roosenberga z Kruszwicy. Dnia 23 lutego 1875 roku powołano Towarzystwo Akcyjne Cukrowni Janikowo o kapitale 1,6 mln marek i rozpoczęto budowę fabryki. Pracami kierowała dr Rudolph Reimann. Jeszcze w tym samym roku podejmowano pierwsze próby produkcji cukru.
W roku 1876 podjęto produkcję na skalę przemysłową. W kolejnych latach, mimo że w sąsiedztwie powstało kilka innych cukrowni, systematycznie wzrastał areał buraków, ich plon, a także przerób dobowy i produkcja cukru. Zwiększał się zysk zakładu, dywidendy dochodziły do 85%.
W lutym 1908 roku fabryka została w dużej mierze zniszczona przez pożar, ale po szybkiej odbudowie w tym samym roku wznowił produkcję. W wyniku modernizacji powstała nowa kotłownia z siłownią, magazynem cukru i budynkami mieszkalnymi dla pracowników. Rozpoczęto również produkcje kostki rafinacyjnej.
W okresie okupacji, mimo szeregu restrykcji i ograniczeń, kontynuowano produkcję, ale pod koniec 1944 roku wywiezione zostały do Niemiec najważniejsze urządzenia zakładu. W styczniu 1945 roku na terenie cukrowni powstał Komitet Obywatelski, który przygotował fabrykę do wznowienia produkcji. Pierwsza powojenna kampania trwała tylko 32 dni. Przerobiono wówczas prawie 34.400 ton buraków i wyprodukowano ponad 4800 ton cukru białego.
W połowie lat 50-tych pracował w cukrowni, mieszkający w tym czasie pierwszy dowódca Powstania Wielkopolskiego gen. Stanisław Taczak.
W 1995 roku przekształcona została w jednoosobową spółkę akcyjną Skarbu państwa, a w roku następnym weszła w skład Poznańsko – Pomorskiej Spółki Cukrowniczej w Poznaniu. Wraz ze zmianami organizacyjnymi zmianie uległy także możliwości produkcyjne. Jednakże w wyniku późniejszych decyzji w 2004 roku Cukrownia zakończyła swoją działalność.