Z początkami kościoła, a właściwie kościółka, związana jest legenda, którą zapisano w poł. XIX w. Według niej, w czasie najazdu, w 1241 r. Tatarów na Europę książę cieszyński próbował stawić im opór, m.in. pod Legnicą, ale bez skutku. Mieszkańcom miast, w tym Cieszyna, nie pozostało nic innego jak schronić się wraz z dobytkiem w górach, co też uczynili. Jednak zdarzył się cud, Tatarzy się wycofali. W podzięce Opatrzności cieszyńscy mieszczanie wznieśli kościół pod wezwaniem św. Trójcy, który później spłonął, ale pozostała pamięć, że w wielkiej potrzebie trzeba zwracać się do Opatrzności.
Kiedy więc w Cieszynie w 1585 r. wybuchła wielka zaraza cholery, mieszczaństwo ślubowało odbudować ten kościół, jeśli Bóg odwoła znad miasta Anioła Śmierci. Tak też się stało. W 1594 roku kościół został odbudowany dzięki fundacji księżnej Katarzyny Sydonii, jednak nie był już kościołem drewnianym, tylko murowanym. W otoczeniu kościoła znajduje się stary cmentarz, zamieniony w 1883 roku na park. Na cmentarzu spoczywają w większości zmarli w czasie wielkiej epidemii cholery w 1585 roku.
Trzy ołtarze, które znajdują się kościele, utrzymane są w stylu regencji drugiej ćwierci XVIII wieku. W głównym znajduje się obraz Chrztu Pana Jezusa w Jordanie, a w bocznych: św. Tobiasza z aniołem i św. Sebastiana. Na wieży wisi duży pęknięty dzwon z roku 1641, fundacji Elżbiety Lukrecji, z orłem i herbem Cieszyna. W zewnętrzne ściany kościoła wmurowanych jest kilka epitafiów.