Um 600 n. Chr. begann die Besiedlung durch Sorben. Um 800 n. Chr. begann der Bau der Burg Könitz durch einen Ritter von Conz. Von seinem Namen leitet sich auch der Name des Adelsgeschlechts Könitz ab. 1561 wurde der bisherige Ortsname Conz in Könitz geändert.
Könitz wurde und ist auch heute noch durch den Bergbau geprägt. Seit etwa 1100 ist Bergbau in Könitz nachweisbar. Es wurde sowohl Kupfer, als auch Eisenerz abgebaut. Der Kupferbergbau nahm jedoch stetig ab und Ende des 18. Jh. wurde fast nur noch Eisenerz abgebaut. Ab 1830 beginnt der Schwerspatabbau, 1910 war dessen Blütezeit. 1920 wurde eine Drahtseilbahn zum Bahnhof für den Transport von Eisenerz zur Maxhütte Unterwellenborn gebaut. Das Amt Könitz wirkte auch gleichzeitig als Berggericht.
1617 ist erstmals eine Schule in Könitz erwähnt. 1562 wurde der Bau des Schlosses in seiner noch heute zu sehenden Form vollendet. 1608 fiel das Schloss an die Grafen von Schwarzburg-Rudolstadt. Der Ort gehörte seitdem bis 1918 zur Exklave Leutenberg der Oberherrschaft der Grafschaft bzw. des Fürstentums Schwarzburg-Rudolstadt.
Während des Dreißigjährigen Krieges standen sich in der Nähe von Könitz 40.000 Schweden und 50.000 kaiserliche Truppen gegenüber. Zu einer Schlacht kam es jedoch nicht. Wie auch viele andere Regionen, wurde Könitz von den herumziehenden Truppen ausgeplündert und schwer in Mitleidenschaft gezogen. Könitz erhielt 1650 das Marktrecht. Viele Opfer forderte die Pest, die 1683 den Ort heimsuchte. Während der Schlacht bei Jena und Auerstedt im Jahre 1806 zogen 60.000 französische Soldaten durch Könitz.
1924 wurde der Könitzer Sportplatz gebaut.
Während des Zweiten Weltkrieges mussten hunderte Arbeitskräfte aus den besetzten Ländern sowie Militärinternierte aus Italien in den Rüstungsanlagen der REIMAHG im Walpersberg Zwangsarbeit verrichten. An 33 Opfer der Zwangsarbeit erinnert ein Findling mit einer Aufschrift des Gedenkens der Opfer des Faschismus. Seit 1989 ließ Italien einen weiteren Gedenkstein für seine umgekommenen Landsleute setzen.
Am 13. April 1945 wurde Könitz durch die US-Armee besetzt. Gemäß den Vereinbarungen der Alliierten über die Zonenaufteilung zogen am 2. Juli 1945 sowjetische Truppen in Könitz ein. Seit 1955 dient das Schloss als Unterkunft für geistig behinderte Menschen. Es wird heute von der Arbeiterwohlfahrt Saalfeld-Rudolstadt geführt.
1991 mit Beginn des Schuljahres 1991/1992 endete die Oberschule Könitz, aus ihr wurde eine gewerbliche Hauptschule ab Klasse 5 und eine Grundschule. 1995 war die Eröffnung des Heimatmuseums in Könitz.
Am 1. Februar 2006 wurde Könitz nach Unterwellenborn eingemeindet.