Cerkiew w Świątkowej Małej istniała już w 1581, jako świątynia pomocnicza parafii prawosławnej w Grabiu. Parafia ta zmieniła wyznanie po podpisaniu aktu unii brzeskiej. W 1762 roku wzniesiono obecną budowlę, jako cerkiew pomocniczą, należącą do parafii w Rozstajnem. Po 1860 zmieniono przynależność administracyjną świątyni, czynią ją tym razem pomocniczym obiektem sakralnym parafii w Świątkowej Wielkiej. Na przełomie XIX i XX wieku dokonano znaczącej przebudowy obiektu, dodając wieżę nad przedsionkiem i zamieniając pierwotną namiotową kopułę nad babińcem na dach dwuspadowy. W 1927, w czasie tzw. schizmy tylawskiej, wszyscy mieszkańcy Świątkowej Małej przeszli na prawosławie. Zrezygnowali jednak z wznoszenia nowej cerkwi, uczęszczając na nabożeństwa do kaplicy w Świątkowej Wielkiej. Dotychczas użytkowana świątynia została natomiast zamknięta w 1931. W latach 50. XX wieku niemal całkowicie zdewastowany. obiekt z rozkradzionym wyposażeniem wnętrza zaadaptowano na kościół rzymskokatolicki. Do świątyni przeniesiono te elementy wyposażenia, jakie udało się uratować ze zniszczonej po 1947 cerkwi w Rozstajnem. W latach 70. obiekt został kilkakrotnie okradziony - złodzieje wycięli carskie wrota z ikonostasu oraz wynieśli ikony rzędu świąt. Ikonostas nigdy nie został uzupełniony. Odnowiona w latach 1975-78. W 1991 roku ikonostas i kilka ikon poddano konserwacji. Generalny remont świątyni przeprowadzono w 2010 roku. Obejmował miedzy innymi wyminę podwalin, zrębu ściany południowej nawy, oszalowania, pokrycia gontowego oraz konserwację ikon.