Il se délimite par le pont d'Aquitaine au Nord, les bassins à flots au Sud et à la fin des boulevards à l'Ouest. Bacalan a une superficie de 5,7 km² et a une densité de 1 339,9 habitants par km². Il représente 3,6 % de la population de Bordeaux.
Cette partie de Bordeaux était constituée de terres marécageuses importantes, ce qui limitait le nombre d’habitants. Les terres étant peu cultivables et les cultures mauvaises, l’assèchement des marais sera entrepris en 1599. Le projet fut confié à un Hollandais Conrad Gaussen, qui appliqua les mêmes méthodes que dans son pays, un procédé de dérivation et d’endiguement.
Bacalan se développe particulièrement à partir du xviiie siècle, le développement du quartier étant lié à celui du port de Bordeaux. Les zones d’activités ont pris peu à peu le pas sur les marais, enserrant le quartier habité de Bacalan.
Dans la première moitié du xixe siècle, Bacalan a pris une certaine extension avec la délocalisation de quelques chantiers navals en sa faveur, à la suite de la construction du pont de pierre qui faisait obstacle sur le fleuve.
La reconquête du cœur du quartier, le réaménagement des Bassins à Flots, la reconversion de la base sous-marine, la création du Parc Bacalan, le tramway (ligne B), un nouveau pont reliant les quartiers de Bacalan et de La Bastide, l’agencement autour d’un parcours tonic, vont permettre à Bacalan de s’ouvrir sur le centre ville, le fleuve et la rive droite.
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Le pont du pertuis
Le pont du pertuis séparait le bassin à flot numéro 1 du bassin à flot numéro 2, le pertuis étant le couloir qui permet le passage de l’un à l’autre. Cet ouvrage en acier, de type Eiffel, a été construit en 1911 pour permettre le passage de trains pouvant aller jusqu’à 380 tonnes.
Sa particularité était d’être un pont tournant. Fermé, il permettait le passage des bateaux, notamment de plaisance, comme les catamarans. En action, le pont se soulève légèrement, bascule d’un côte, pour pivoter sur son axe et relier l’autre côté de la berge. Un mécanisme ingénieux. Il était le seul pont à culasse (tournant autour d'un axe à l'arrière du pont) restant en France, et à ce titre il était reconnu comme patrimoine remarquable dans le cadre du classement de Bordeaux. Les inspecteurs de l'ICOMOS, l'organisme qui a inspecté la ville avant qu'elle soit classée à l'UNESCO, étaient r'ailleurs restés baba des heures devant ce petit bijou. Et pourtant il a été détruit en décembre 2007, ce que les bombardements de la base sous-marine n'avaient pas réussi à faire. Officiellement, l’état de dégradation de cet ouvrage, rouillé, rendait une simple rénovation impossible et une reconstitution à l’identique aurait été de fait nécessaire, faisant soit disant perdre tout intérêt à cette opération. En fait sa réhabilitation coutait 2,2 millions d'euros alors qu'une démolition-reconstruction coutait 1,7 million d'euros. Eh oui, pour 500 000 €, on a détruit un des témoins des grandes heures de l’histoire maritime de ce qui fut un des plus grands ports d’Europe ! il devrait être remplacé par un pilier au milieu de l'écluse, ce qui parait-il est en plus une aberration économique puisque cela ne permettra de faire rentrer dans le bassinnuméro 2 que les petits bateaux de plaisance de 8 m de large alors que la mode est aux catamarans plus larges.