Em Portugal, o presépio tem tradições muito antigas e enraizadas nos costumes populares. Este é montado no início do Advento sem a figura do Menino Jesus que só é colocada na noite de Natal, depois da Missa do Galo. Tradicionalmente, é perto do presépio que são colocados os presentes que são distribuídos depois de se colocar a imagem do Menino Jesus. O presépio é desmontado a seguir ao Dia de Reis. Na maioria das cidades o presépio é montado pelas autarquias e em algumas tenta-se ter o maior presépio, como é o caso de Vila Nova de Famalicão.
No entanto foi Alenquer que ganhou o epíteto de Vila Presépio depois de, em 1968, ter iniciado a tradição de montar um gigantesco presépio elaborado pelo pintor Álvaro Duarte de Almeida numa das colinas da vila. No entanto, este epíteto era já desta vila portuguesa desde o século XIII, altura em que fixou aí o primeiro convento franciscano da península ibérica. Frei Zacarias, enviado por São Francisco de Assis encontra em Alenquer um cenário a que chama de autêntica Belém, terra onde nasceu Jeseus. A presença franciscana liga esta terra portuguesa à origem do presépio, em Greccio (Itália) onde o santo de Assis fez o primeiro presépio vivo.
O chamado Presépio Tradicional Português é - ao contrário do que encontramos nos outros países - formado por figuras tão diversas que não correspondem exactamente à época que deveriam representar. À excepção das figuras da Sagrada Família (São José, a Virgem Maria e o Menino Jesus), dos pastores e dos Três Reis Magos, todas as restantes figuras que surgem no Presépio Tradicional Português foram adicionadas com vista a dar uma representação "mais portuguesa" à história da Natividade. Assim, podemos encontrar figuras como: um moleiro e o seu moinho, uma lavadeira, alguns bailarinos de um rancho folclórico, uma mulher com um cântaro na cabeça, uma banda de música, entre muitos outros personagens divertidos e tipicamente portugueses. A origem destas peças de cerâmica é dos arredores da cidade de Barcelos, na Região Norte de Portugal e, ainda hoje, são todas produzidas com origem artesanal.
Por sua vez, no Alentejo, o Presépio mais característico é o de Estremoz. As cenas da Natividade de setecentos modeladas ao modo de Estremoz, resultam do trabalho das barristas de adaptação ao gosto e tradição local, dos grandes Presépios realizados em barro por artistas como Joaquim Machado de Castro. No início do século XX estavam praticamente em desuso e a produção era rara. Sebastião Pessanha encomenda ainda um Presépio na década de 10, com 60 peças. Disse-lhe Gertrudes Rosa Marques (uma das últimas bonecreiras que ainda trabalhava em Estremoz) que já não saia um da sua oficina há muitos anos, facto que atesta o desuso da representação da Natividade nos antigos moldes. Entretanto, durante o Regime do Estado Novo, aos bonecos de Estremoz é dado um novo alento, conhecendo os Presépios locais uma fantástica inovação, que substituiu mesmo a antiga tradição. Nos anos 30, o Director da Escola de Artes e Oficios local, o gaiense José Maria Sá Lemos, com a preciosa assistência do mestre oleiro Mariano da Conceição, junta os famosos Tronos de cascata de Santo António, com as principais figurinhas que compõem um Presépio.
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