A história do mosteiro e igreja românica de Paderne é particularmente complexa, em especial a que se relaciona com as suas origens. Na primeira metade do século XII, o local foi sede de um mosteiro feminino, comunidade a que D. Afonso Henriques passou carta de couto (1141), em agradecimento pelo auxílio das monjas na tomada do castelo de Castro Laboreiro. Outras fontes asseguram que o primitivo cenóbio foi sagrado em 1130, mas a verdade é que pouco ou nada sabemos acerca dessa primeira instalação.
Dois elementos em calcário - um fragmento de friso e um capitel - (que claramente nada têm que ver com a construção em granito do século XIII), parecem ser os únicos vestígios da igreja do século XII. Este último é especialmente importante, uma vez que se trata do único capitel historiado do conjunto. Representando a Descida de Cristo aos limbos, onde resgata um homem da boca de um monstro, seria "provavelmente a escultura mais representativa" dessa igreja, cuja relevância simbólica e artística fez com que fosse reaproveitado, em lugar de destaque, na construção do século XIII: o "ângulo nordeste do cruzeiro").
Se as origens de Paderne são, assim, uma enorme incógnita - existindo mesmo autores que negam a existência de vestígios materiais do século XII -, o processo de transferência do mosteiro para as mãos dos Cónegos Regrantes de Santo Agostinho é igualmente enigmático. Sabemos que eles já habitavam o local em 1225 e que, anos mais tarde, a comunidade era orientada pelo prior D. João Pires, homem a quem se atribui um papel importante na construção da igreja que actualmente existe. Com efeito, foi no seu tempo que se concluíram as obras e se sagrou do novo templo, cerimónia que teve lugar em 1264, conforme inscrição colocada à esquerda do portal principal ).
