Pierwszy kościół w miejscowości został wzniesiony prawdopodobnie w 1308 r. Był to niewielki drewniany kościółek pełniący rolę kaplicy dworskiej. Świątynia ta została podobno zniszczona przez pożar.
Nowy murowany, jednonawowy kościół został postawiony w połowie XVI w. Pod koniec XVI w. do kościoła dobudowane zostały dwie kaplice. W kaplicach tych pochowani zostali ówcześni właściciele wsi Konotop. Wkrótce po wybudowaniu świątynia została przejęta przez luteranów i pozostawała w ich rękach przez ponad 100 lat. 12.03.1654 r. świątynia została ponownie przejęta przez katolików.
Staraniem rodziny von Kottwitz w 1706 r. kościół został przebudowany oraz otrzymał barokowe wyposażenie wnętrza. Niestety, po II wojnie światowej z kościoła zginęła część jego wyposażenia. Nie ominęło to również grobowców właścicieli wsi, które zostały splądrowane i pozostawione bez opieki popadały w ruinę.
W latach 1981-1990 został przeprowadzony generalny remont świątyni. W pobliżu kościoła została wzniesiona drewniana dzwonnica. W 1595 r. w dzwonnicy zawieszono dzwon ufundowany przez Annę von Kottwitz. Na dzwonie tym znajduje się herb rodziny Kottwitz oraz napis o treści: "Zapraszam Ciebie na Słowa Boga, wołam Ciebie posłuchać Słowa Boga”. Z uwagi na zły stan techniczny w 1962 r. stara dzwonnica została rozebrana, a w jej miejscu zbudowano nową z belek uzyskanych po rozebranej świątyni protestanckiej.
Żeby odnaleźć pojemnik finałowy należy odnaleźć przy światyni krzyż misyjny i podstawić do wzoru rok pierwszej misji w konotopie z niego odczytany X.
N 51°56.170+X E 15°54.107-X