Wieś Słupy znajduje sie na zachodnim brzegu jeziora Wadąg. Nazwa miejscowości na przestrzeni wieków ulegała przekształceniom: Stolpe (1364, 1374), Stolp (1564), Sztolpy (1879), Stolpy (1941). Obecna nazwa obowiązuje urzędowo od 1951 roku.Etymologia nazwy Słupy wiąże się z typem siedliska osadzonego na słupach wbitych w rzeke lub w jezioro, ze słupami służącymi do suszenia sieci rybackichj lub pochodzi od wieży obronnej(pozostałość niedaleko szkoły)
Wieś powstała na miejscu wcześniejszej pruskiej osady. Obecnie nie można jednak dokładnie określić do którego z plemion pruskich należały te tereny (Galindów, Pogezan, Bartów, Warmów), gdyż jako zalesiony i słabo zaludniony obszar graniczny przechodził z rąk do rąk. W XIII w. Krzyżacy opanowali Warmię, Natangię i Barcję co spowodowało, że powstania plemion pruskich kończyły się klęską. W XIV w. decyzją papieża, kraj Prusów podzielono na biskupstwa, wydzielając diecezję warmińską. Tym sposobem rozpoczęła się prowadzona przez kapitułę warmińską akcja osadnicza w wyniku której wokół Olsztyna powstała gęsta sieć wsi.
Miejscowość uzyskała lokację na prawie chełmińkim około 1360 r., a pierwsze wzmianki pochodzą z 1374, kiedy Prusowi o imieniu Prejture nadano 13 włók ziemi. Następnie przyszły lata wojen pomiędzy Polską, a Zakonem Krzyżackim, które spowodowały opuszczanie ziem i zniszczenia wsi, sprawiając, że po roku 1479 połowa ziem w komornictwie olsztyńskim nie miała gospodarzy.
Kolejna fala osadnictwa nastąpiła na początku XVI w., a dokładnie 17 maja 1517 r., kiedy to Mikołaj Kopernik (ówczesny administrator) wyznaczył nowego osadnika-zasadzcę (sołtysa Stenzel) nadając mu „3 łany i ćwierć ziemi w Stolpen”.
W XV-XVII w. Słupy były wsią szlachecką. Nastąpił wtedy zwiększony napływ ludności pochodzenia polskiego, polonizacji uległy stare nazwy pruskie i niemieckie, a nawet zaginęła mowa pruska. W nadaniach osadnictwa coraz częściej zaczęły się też pojawiać polskie nazwiska, w latach 1545 – 1552 swoje włości posiadali tu Antoni Niedanowski, Jan Gąsiorowski, Walenty Hanowski.
W XVIII w. wieś przekształciła się w majątek szlachecki z folwarkiem i znalazła się w rękach rodziny Carnevalli. W 1785 r. było w Słupach tylko 5 domów. Od 1841 r. do końca lat 20 XX wieku majątek był w posiadaniu rodu von Stabbert. Jego ostatnimi właścicielami przed 1945 r. byli: Adolf Schulz i Oskar Thimm.
Na początku XXI wieku miejscowość utraciła rolniczy charakter i nie ma tu już żadnego gospodarstwa rolnego. W miejsce dawnego Państwowego Ośrodka Maszynowego, istniejącego do 1993 r., powstało kilka mniejszych zakładów pracy. . Obecnie miejscowość całkowicie utraciła swój dawny rolniczy charakter.