Von 1901 bis 1903 wurden auf der rechten Donauseite ein Hafenbecken mit Verladestation, Gleisanschluss zum nahen Güterbahnhof, Lagergebäuden und ein Haus errichtet, in dem die Hafenverwaltung untergebracht war. Auf dem Gelände des heutigen Winterhafens werden seit 1902 Güter verladen. Entlang des Donauufers entstand ein hoher Rücklaufdeich, der die unmittelbare Überströmung bei Hochwasser ausschloss. Die Hafenanlage diente bei Niedrigwasserführung der Donau den aufwärts fahrenden Frachtschiffen als Kopfhafen.
Seit Beginn der 1980er Jahre wurde der Winterhafen nur mehr wenig genutzt. Es entstanden jahrelange Auseinandersetzung über die weitere Nutzung des altstadtnah gelegenen Areals, insbesondere zwischen der Landeshafenverwaltung und Naturschützern. Die Anlage zeichnete sich durch bemerkenswerte Ruderalpflanzen aus, denn die Gleisanlagen mit Schotter und Schlackenböden, Straßenrand- und Stellplatzflächen, Gebäuderänder, mit Natursteinen errichtete fugenreiche Ufermauem, ein Gärtchen sowie der Rücklaufdeich mit einer nordexponierten Böschung boten höchste Standortvielfalt auf engstem Raum.
Die Gleise wurden 1992 entfernt, die Gebäude ab 1995 nach und nach abgebrochen. Die Hafenbetriebsebene wurde aufgeschüttet, damit sie nur noch selten überschwemmt werden kann. Das hohe Silogebäude, das einen markanten Akzent in der westlichen Stadtsilhouette setzte, ließ die Bayerische Landeshafenverwaltung sprengen.