Vue prise Place Saint-Clair avant 1936
Albert et Gaston sont vassaux du comte de Chartres (Thibaud III), des comtes de Dreux et des comtes du Perche. Or Thibault III guerroie contre Guillaume le Conquérant, lesquels se disputent la possession du Drouais et du Vexin normand. Mais Gaston prend position pour Guillaume le Conquérant. Albert reste fidèle au Roi de France Henri Ier ce qui lui vaudra d'être chassé de Thimert par Guillaume le Conquérant où il installe un de ses vassaux. Henri Ier venge son féal, son « fidèle Albert » en assiégeant lui-même Thimert en 1058 et rase le château en 1059. Gaston fait dès lors bâtir à quelques distances de là dans une clairière un nouveau fort appelé Chastel Neuf (castrum novum) autour duquel se formera un bourg (devenu Châteauneuf-en-Thimerais). Gaston et Albert furent longtemps en guerre au sujet de Châteauneuf et finirent par se réconcilier.
La ville a longtemps vécu de l'agriculture et du commerce avant de s'industrialiser progressivement dans la seconde moitié du XXe siècle mais néanmoins dans une faible mesure.
Le commerce, assez florissant jusque dans les années 1960 à progressivement périclité avec l'arrivée des grandes surfaces et le changement des habitudes de consommations. (On comptait dans les années 1960, 9 épiceries, 4 boucheries-charcuteries, 10 cafés, 3 hôtels-restaurants, 3 mécaniciens, 4 boulangeries-patisseries, 3 coiffeurs, 1 libraires, 3 quincailleries, 3 magasins d'habillages etc. et même une usine textile). Nombre de commerces notamment alimentaires ont ainsi disparu de la ville au cours des années ainsi que le marché de la place Saint-Clair pourtant encore très vivant et fréquenté au début des années 1970.