Obecnie stacja Kraków Podgórze, zlokalizowana na łącznicy kolejowej oddanej do użytku 7 grudnia 2017 roku. Historia stacji, jak i samej linii kolejowej, na której jest umiejscowiona sięga jednak nieco dalej, bo czasów galicyjskich.
Wraz z budową w latach 1850-1856 Wschodniej Kolei Państwowej łączącej Kraków ze Lwowem, władze Podgórza, będącego osobnym miastem, rozpoczęły starania o uruchomienie w mieście stacji kolejowej. Wieloletnie zabiegi nie przyniosły pożądanych rezultatów. Pertraktacje wznowiono w 1872 r. przy okazji planowanej linii Czadca - Żywiec - Sucha - Podgórze. W związku z brakiem zgody co do przeznaczenia stacji (zarząd kolei proponował ładownię towarową, natomiast podgórzanom zależało na przystanku osobowym), a ostatecznie rezygnacją władz austriackich z nowej inwestycji, plany budowy ponownie zawieszono. Dopiero powstanie Galicyjskiej Kolei Transwersalnej z odnogą Oświęcim - Sucha - Podgórze przyniosło ich realizację. Oddana do użytku 1 sierpnia 1884 r. stacja Podgórze, od 1885 r. nosząca nazwę Podgórze-Płaszów, została zlokalizowana 1,5 km od Rynku Podgórskiego (teren obecnego dworca Kraków Płaszów). W latach 1908-1912 wzniesiono zespół lokomotywowni i warsztatów naprawczych.
Oddalenie stacji Podgórze od centrum miasta stanowiło dla jego mieszkańców znaczne utrudnienie i stało się powodem rozpoczęcia zabiegów o drugi, bliższy przystanek. 4 października 1885 r. otwarto na linii Oświęcim - Płaszów stację Podgórze-Miasto. Na jej cel przeznaczono budynek strażnicy przejazdowej leżącej na przecięciu toru z ul. Kolejową. Koszty adaptacji obiektu pokryto z budżetu miasta. Ponieważ niewielki dworzec nie spełniał oczekiwań podróżnych, w 1893 r. wzniesiono nowy, znacznie większy budynek.
Po wcieleniu miasta Podgórza do Krakowa w 1915 roku, stacja została przemianowana na Kraków Podgórze. Nazwa stacji w takiej formie przetrwała jedynie do wybuchu II Wojny Światowej, kiedy to hitlerowscy okupanci nadali jej zniemczoną nazwę Krakau Podgorze. Po wojnie stacja zaczęła funkcjonować jako Kraków Krzemionki i pod tą nazwą istniała aż do 2018 roku, kiedy została włączona w skład nowo otwartej stacji Kraków Podgórze jako jeden z peronów.
