De naam Rijperkerk is afgeleid van Riperkerka, kerk op een 'ripe'; een zandrug. Deze zandrug is een restant van de laatste ijstijd, die circa 200.000 jaar geleden in Nederland heerste. Op deze zandrug ligt de huidige Oosterdijk, de oudste weg van het dorp. Het achtervoegsel "rijp" of "ripe" komt in meerdere plaats- en familienamen voor.
In de 14e eeuw wordt voor het eerst melding gemaakt van Riperkerka, een nederzetting van vissers, turfmakers en rietsnijders. Waarschijnlijk werd er ook reeds zeer extensieve veeteelt bedreven. In de loop der jaren werden Binnendijk en Westerdijk aangelegd, parallel lopend met de Oosterdijk en onderling verbonden door Ypeysingel (IJpeijsingel) en Brédyk, waardoor het dorp min of meer zijn huidige vorm kreeg. Na de aanleg van een aantal waterkundige werken, waarmee het water kon worden beheerst, trok het dorp meer boeren aan en dit bracht nijverheid met zich mee, zij het op bescheiden schaal. Toch hielden de rietcultuur en het turfmaken nog lange tijd stand. Het beeld "de Leiker" herinnert nog aan het opbaggeren van de "klyn", de grondstof voor turf. De laatste binnenvisser is in 1988 overleden.
Leeuwarden ligt op vrij korte afstand van Rijperkerk. De zandgrond is bosrijk en om deze reden stichtten veel bestuurlijke hoogwaardigheidsbekleders zomerverblijven in zowel de Trijnwouden als Rijperkerk en Tietjerk. Rijperkerk kende drie adellijke behuizingen, het nog bestaande Vijversburg, Ulenburgh-state en Heerma-state. Van dit laatste buitenverblijf, dat omstreeks 1850 moet zijn afgebroken, is weinig meer bekend. Ulenburgh-state, aan de Oosterdijk gelegen en in 1708 afgebroken, was het zomerverblijf van Rombertus van Uylenburgh, burgemeester van Leeuwarden. Zijn dochter Saskia was de vrouw van Rembrandt van Rijn. Over Vijversburg, dat sinds 1970 op het grondgebied van Tietjerk ligt (de Rijksweg Leeuwarden-Groningen vormt nu de grens tussen beide dorpen), is meer te vertellen.