Ypäjän seurakunnan juuret ovat niin kaukana, että niitä ei edes tunneta. Pieni kirkko lienee ollut Loimijoen rannalla kirkon mäellä jo 1300-luvun alussa. Sen nimi oli St Bertils Capel eli Pyhän Pertun kappeli.
Noin 1500-luvun alussa seurakunta joutui Tammelan kivikirkkokunnan kappeliksi, joka koostui Perttulan, Kartanon, Varsanojan, Viloilan, Somiskalan, Levän ja Palikkalan kylistä. Tammelan alaisuudesta Perttulan kappeli itsenäistyi 1892 Ypäjän seurakunnaksi – uusi nimi tuli rautatieaseman nimestä.
Vuonna 1911 seurakuntaan liitettiin Loimaaseen kuuluneet Ypäjänkylä ja Manninen.
Tammelan seurakunnan aikana Perttula kuului Portaan pitäjän Jokioisten Neljännekseen. Silloinen kirkkomme rakennettiin noin 1550-luvulla hirsistä ristikirkon muotoon. Se purettiin ja rakennettiin uudelleen vuosina 1676 ja 1798 sekä hävitettiin lopullisesti vuonna 1901.
Erityistä Ypäjän seurakunnalle on se, että siitä tuli 1800-luvun lopulla ns. vanhan evankelisuuden keskuspitäjä. Vanha kirkko jäi pueneksi ja uuden kansallisromanttisen jugend-tyylisuunnan mukainen nykyinen kirkko rakennettiin toukokuusta 1901 marraskuuhun 1902 välisenä aikana vanhan kirkontontin viereen. Kirkon ovat suunnitelleet arkkitehdit Henrik Helin ja Aleksander Nyström.
Kirkossa sijaisee kirkkomaalari Gabriel Gotthard Sweidelin maalaama alttaritaulu "Ristiinnaulittu" (1811), joka kuvaa Jeesusta ristillä. Vuonna 1939 tehdyssä remontissa alttaritaulun alaosaan liitettiin Urho Lehtisen maalaus "Kuninkaiden kumarrus". 1990-luvun korjauksen yhteydessä kirkon sisäkattoon asennettiin tähtitaivasta jäljittelevä valoteos. Kangasalan Urkutehtaan valmistamat urut ovat 18 + 3-äänikertaiset ja vuodelta 1940. Kirkossa on lähetysmaapallokynttelikkö, joka valmistettiin vuonna 1981 Ypäjän maataloudellisten oppilaitosten seppäkoulussa.