Cette petite commune, à la frontière entre marais blanc (alluvions marines) et marais noir (formations tourbeuses) domine d’environ 9 mètres le fond de la Baie du Mont Saint-Michel.
Le bourg s’est construit sur une formation granitique de forme elliptique faisant partie d’un ensemble de 4 formations rocheuses de même type : le Mont-Dol, Tombelaine et le Mont saint-Michel. Son nom provient d’une contraction de l’île en mer, car autrefois, le rocher était une île au milieu de la baie du Mont-Saint-Michel.
Du néolithique à nos jours
Lillemer est habité depuis la période néolithique. Découvert en 1995 et prospecté à partir de 2001, le site archéologique d’une superficie de 30 hectares sur la butte et une partie des marais alentours, constitue l’attrait principal de la commune.
La tourbe du marais noir a permis une conservation exceptionnelle et différents travaux ont confirmé l’existence d’un village vieux d’environ 4 000 ans. Lillemer constitue ainsi un site archéologique d’importance au niveau régional. La mairie abrite d’ailleurs un espace d’Interprétation du patrimoine archéologique dédiée aux fouilles et le site de prospection se visite durant les Journées du Patrimoine.
Un magnifique colombier du 17ème siècle, entièrement restauré, est visible près de l’église au sommet de la butte, et rappelle que Lillemer appartenait autrefois aux Seigneurs de Dol de Bretagne toute proche