Bjerkaker skole er en av de eldste skolene i byen. Skolen, som da het Sør-Tromsøya skole, stod klar høsten 1965. Skolen ble i sin tid tegnet av arkitekt MNAL Per Ørnulf Øie, Oslo, og den er oppført med bærende konstruksjoner i plasstøpt betong og takkonstruksjoner av tre.
Skolen ble totalrenovert på begynnelsen av 2000-tallet, og ser derfor annerledes ut enn hva den gjorde da den ble bygd. Blandt annet ble det bygd ny gymsal. I 1997 ble det satt opp en midlertidig paviljong på ca. 650 m⊃2; som fram til sommeren 2007 ble brukt til skoleformål. Denne ble da fjernet når renoveringen var ferdig. Med økende elevtall ble det igjen i 2019 satt opp en paviljong som benyttes av 7. klasse.
Høsten 2011 fikk skolen status som Universitetsskole. Det betyr at skolen har forpliktet seg til et tett samarbeid med Universitetet i Tromsø i forhold til lærerutdanning og forskning. I skoleåret 2018-2019 var 6 av lærerne praksislærere, og skolen tok imot rundt 20 studenter dette skoleåret.
Skolen ligger i en bydel med økende elevtall: i 2015 hadde skolen 330 elever, mens det i skoleåret 2018-2019 var det 370 elever fordelt på 1. – 7. trinn.