Historia szkolnictwa w Janikowie sięga przełomu XIX i XX wieku. Wtedy to wybudowano pierwszą szkołę naprzeciw obecnego dworca kolejowego. Na początku XX wieku janikowska szkoła przyłączyła się do strajku przeciw germanizacji i w obronie nauczania w języku polskim. Po wkroczeniu wojsk niemieckich we wrześniu 1939 roku zamordowano dyrektora i nauczycieli. W tym okresie powstała również szkoła w Janikowie-Ostrowie (zlikwidowana lata siedemdziesiąte XX wieku). W nowo wybudowanym po wojnie budynku obok starej szkoły rozpoczęły się zajęcia. Szkoła nosiła numer 1. Po otrzymaniu przez Janikowo praw miejskich wybudowano SP numer 2 przy ul. Głównej, a w latach 90. SP numer 3 przy ul. Kozala. Po reformie szkolnictwa przeprowadzonej przez Jerzego Buzka SP nr 2 przemianowano na gimnazjum. W SP nr 3 uczą się dzieci klas od I do III (kształcenie zintegrowane), a w SP nr 1 dzieci klas od IV do VI. Po kolejnej reformie szkolnictwa zlikwidowano janikowskie gimnazjum i utworzono jedną Szkołę Podstawową mającą swoją siedzibę w budynkach trzech dawniej niezależnych szkół podstawowych.
Przedszkola
Przedszkole Miejskie – ul. Słoneczna 31
Niepubliczne Przedszkole „Mali Odkrywcy” – ul. Słoneczna 29
Szkoły podstawowe
SP Janikowo (dawniej nr 1) – ul. Szkolna 1, klasy VII-VIII
SP Janikowo (dawniej nr 2) – ul. Główna 6, klasy IV-VI
SP Janikowo (dawniej nr 3) – ul. Kozala 3, klasy I–III