Saku jaam rajati koos raudteeliiniga 1900. aastal.
Varem läks Saku jaamast Saku õlletehasesse 1 km pikkune harutee. Harutee ehitati aastatel 1900-19001.
Jaam oli 2014. aastani Edelaraudtee peatuskoht. Edasi kasutab peatust Elron.Koos jaamaga valmisid jaamahoone, kaubaait ja veetorn. Jaamahoone ehitati tüüpprojekti järgi sarnaselt Käri, Lelle, Kohila jt jaamahoonetega. Hoone oli kasutusel kuni kitsarööpmelise raudtee sulgemiseni 1971. aastal. Nüüd on see kasutusel elamuna. Veetorn hävis teises maailmasõjas.