O segundo troço em funcionamento da A13 começa no Entroncamento, onde entronca com a A23 (antigo IP6), e daqui segue para norte atravessando Tomar, Ferreira do Zêzere, Alvaiázere*, Penela, Condeixa e Coimbra. Quando a construção deste troço foi lançada, estava previsto que fosse também construído um lanço entre Coimbra e o IP3. Contudo, a construção deste lanço foi retirada da subconcessão Pinhal Interior em 2012, pelo que atualmente a A13 termina em Coimbra Sul, num nó com a N17.
Embora este troço seja o mais recente da A13, tem um traçado mais sinuoso que o troço Marateca–Almeirim; também tem mais nós por quilómetro e apenas uma barreira de New Jersey a separar as duas faixas de rodagem.
O troço entre a A 23 e Coimbra da A13 está concessionado à Ascendi, no contexto da subconcessão Pinhal Interior. A empresa recebeu a responsabilidade pela construção e manutenção deste troço da A13 em 2010 e a concessão terminará em 2040. O primeiro lanço mais não foi do que a reclassificação do tramo Entroncamento–Tomar Sul de IC3 para A13, em 2011. O último lanço (entre Almalaguês e Coimbra) foi aberto em 2014. O troço Entroncamento–Coimbra da A13 tem portagens, que são cobradas através de pórticos de portagem eletrónica. Existe um sistema de isenções para o tráfego local que consiste em que as viagens entre dois nós sucessivos estão isentas de pagamentos. Contudo, no lanço Avelar Sul–Avelar Norte todo o tráfego paga portagem.
Como já se referiu, a construção deste troço da A13 não estava prevista no Plano Rodoviário Nacional. Uma vez que o Plano previa, em vez de uma autoestrada com portagens, a construção da via rápida IC3, sem portagens, o Plano não previu a existência de qualquer estrada estatal alternativa ao IC3. Assim sendo, a N110 (que historicamente também liga o Entroncamento a Coimbra) não foi incluída nem na rede de Estradas Nacionais nem na rede de Estradas Regionais do Plano, e estava previsto que esta estrada fosse municipalizada e se destinasse a servir o tráfego local (à semelhança do que aconteceu com outras estradas nacionais paralelas a vias rápidas, como a antiga N15 em relação ao IP4 ou a antiga N122 em relação ao IC27). Assim sendo, a N110 nunca recebeu melhorias significativas no seu traçado e, à data de 2018, esta rodovia não tinha o perfil de estrada nacional preconizado pelo Plano, pelo que não se constituía inteiramente como uma alternativa à A13. À data de 2018, a N110 atravessava o interior de diversas localidades (como a cidade de Tomar e numerosas aldeias ao longo do seu percurso) e tinha um traçado sinuoso na maior parte do seu percurso (com a notável exceção da variante de Avelar, originalmente construída para a via rápida IC3).
O troço da via rápida IC3 entre a A23 (antigo IP6), no Entroncamento, e Alviobeira/Tomar Norte (23 km concluídos entre 1993 e 2006) foi aproveitado para o traçado da A13: entre a A23 e Tomar Sul já tinha 2 faixas de rodagem e sofreu ligeiras melhorias; já entre Tomar Sul e Alviobeira (a variante de Tomar) o IC3 foi destruído, pois a A13 foi construída «por cima» dele. Embora o lanço Entroncamento–Alviobeira da A13 tenha resultado do aproveitamento de estradas já existentes, também nele foram introduzidas portagens eletrónicas, o que gerou controvérsia na região.
IN: https://pt.wikipedia.org/wiki/A13_(autoestrada)