Im Zuge der Industrialisierung im 19. Jahrhundert wuchs die Bevölkerung im Ort Deuben, der zur Kirchgemeinde Döhlen gehörte, stark an. Dadurch wurde der Bau einer neuen Kirche und die Gründung einer eigenständigen Kirchgemeinde notwendig. Nach einem Jahr Bauzeit wurde die Christuskirche am 1. Advent des Jahres 1869 geweiht.
Der Entwurf zum Bau stammte von dem Architekten August Pieper aus dem Jahr 1867. Sie gilt als erster eigenständiger neugotischer Kirchenbau im Raum Dresden.
Im Jahr 1874 kam es zur Gründung der Kirchgemeinde Deuben und der kirchlichen Loslösung von Döhlen.
1957 wurden die drei Eisenhartgussglocken in den Turm aufgezogen. Sie erklingen in den es′, ges′, as′.
Im Jahr 1986 musste die Kirche wegen Baumängeln gesperrt werden. Grund dafür war neben Schwammbefall in der Dachkonstruktion vor allem die Baufälligkeit des Turms. Er wurde 1988 saniert.
Das Hochwasser im August 2002 richtete große Schäden im Kirchengebäude an. In den darauffolgenden Jahren wurde die Christuskirche umfangreich saniert.
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