Au début du ixe siècle, Louis le Pieux a donné l'église Saint-Pargoire et la villa sur le terrain de laquelle elle se trouve à l'abbaye de Gellone.
Aucun document permet de préciser les dates et les phases de construction de l'église actuelle. Grâce à la protection des abbés de Gellone, Saint-Pargoire a connu la prospérité dans la seconde moitié du xiiie siècle et au début du xive siècle. Le style de l'édifice permet de préciser la période de construction. L'analyse de la structure montre qu'il y a eu plusieurs périodes d'édification. On voit l'écu de l'abbé de Gellone Bernard II de Bonneval (1303-1317) sur le porche ouest. Le chantier a commencé par l'abside à la fin du xiiie siècle pour se poursuivre par la construction de la nef quelques décennies plus tard.
Les abbés de Gellone ont fortifié l'église.
Le voûtes de la nef ont été refaites en 1610