Kongelundens historie strækker sig tilbage til begyndelsen af 1800-tallet, hvor Det Kongelige Danske Landhusholdningsselskab gik i spidsen for en tilplantning af det sydlige Amager. Den unge skovs anlæggelse begyndte i efteråret 1818 på godt 300 tønder fladt, lavt terræn ved kysten. Den nøje planlægning af skovrejsningen ser man i dag på skovens rektangulære afgrænsning og de vinkelrette stier. Beplantningen skete med henblik på at skabe en forsyningskilde for brændsel og gavntræ, som der dengang var stor mangel på grund af det skovløse Amager (og resten af Danmark i øvrigt). Den oprindelige skov på Amager var nemlig for længst blevet fældet for at skaffe brænde, gavntræ og landsbrugsjord og den resterende skov forsvandt under Svenskekrigene i 1657-60. Præsidenten for det Det Kongelige danske Landhusholdsningsselskab, Jonas Collin, regnes som ophavsmand til Kongelunden, da han i 1818 fik overtalt Store Maglebys beboere til at anlægge skov på deres daværende græsningsareal. Collins Høj og Collins Sten i Kongelunden er således navngivet efter ham.