Ratusz, zwany Nowym lub Czerwonym, należy do głównych budowli szczecińskiego Nowego Miasta, którego sieć ulic wytyczona została w 1846 roku. Dzielnica ta, stanowiąc pierwszą próbę rozszerzenia zabudowy poza teren zamknięty fortyfikacjami, rozplanowana została wzdłuż obecnej ulicy 3 Maja (ówczesnej Lindenstrasse), pomiędzy Starym Miastem a dworcem kolejowym, wkrótce po zbudowaniu połączenia kolejowego Szczecina z Berlinem. Decyzję o budowie nowego ratusza podjęto już w 1856 roku, a w latach 60. XIX wieku przystąpiono do zabudowy kwartałów położonych po wschodniej stronie obecnej ulicy 3 Maja. Stara, średniowieczna siedziba władz miejskich na Rynku Siennym była już wówczas zbyt ciasna, jak na potrzeby szybko rozwijającej się metropolii. Na planie miasta z 1866 roku po raz pierwszy pojawił się zarys murów nowego ratusza, naniesiony na podstawie – zapewne już wówczas gotowego – projektu, którego autorem był miejski radca budowlany Konrad Kruhl. Kamień węgielny pod nowy gmach położono 2 września 1875 roku, a poświęcenie i oddanie do użytku gotowego budynku odbyło się 10 stycznia 1879 roku. Nowy Ratusz, będący przez długie lata najwyższym obiektem w okolicy, stał się siedzibą magistratu, w którego skład wchodziło 19 radnych oraz nadburmistrz i burmistrz. Rada Miasta składała się z 62 członków wybieranych co sześć lat. Zarząd miasta dzielił się na 14 organów i deputacji. Oprócz pomieszczeń administracyjnych na parterze Ratusza znalazło się archiwum, a w piwnicach restauracja i kawiarnia.
Przed rokiem 1945 prace budowlane przy Ratuszu ograniczały się do drobnych przeróbek. W 1900 roku przebudowano pomieszczenia archiwum, a w 1912 – adaptowano strych (wybijając nowe szerokie okna), m.in. na mieszkania dla kelnerów obsługujących restaurację. W czasie II wojny światowej w gmachu miało swoją siedzibę Gestapo. W maju 1945 roku niezniszczony podczas wojny Ratusz spłonął, prawdopodobnie na skutek podpalenia. Wypaliła się niemal cała centralna część budynku, a pozostałe pomieszczenia uległy dewastacji. Przetrwały mury obwodowe i ściany działowe. W 1956 roku władze miejskie Szczecina podjęły decyzję o odbudowie gmachu i przeznaczeniu go na siedzibę Miejskiej Rady Narodowej. Stosowny projekt wykonał w latach 1956-1959 inż. Kazimierz Stachowiak z Miastoprojektu w Szczecinie. Do prac przystąpiono w 1959 roku, po uprzedniej zmianie przeznaczenia budynku na siedzibę Urzędu Morskiego. Odbudowa polegała głównie na remoncie wnętrz i ścian, wraz z rekonstrukcją zniszczonych części sklepień hallu oraz na odtworzeniu dachów, adaptacji poddasza na pomieszczenia użytkowe oraz budowie nowych zwieńczeń i wieżyczek. W elewacjach środkowych ryzalitów obu dłuższych elewacji zlikwidowano wimpergi [red.: dekoracyjne wykończenie w kształcie wysokiego trójkąta, wieńczące szczyt portalu albo ostrołuk okna charakterystyczne w architekturze gotyckiej oraz stosowane w zdobnictwie neogotyckim] nad oknami drugiego piętra, przebijając w ich miejscu okrągłe okna dla doświetlenia ostatniej kondygnacji. Zmieniono nieco kąt nachylenia dachu, w którego połacie wbudowano nowe lukarny doświetlające poddasze. Zmieniono formę hełmów wież i zwieńczenia wieżyczek. Konieczne było też wykonanie nowej stolarki okiennej i drzwiowej. Tę ostatnią osadzono w nowych, zmniejszonych otworach. We wnętrzu budynku duże sale podzielono na mniejsze pomieszczenia biurowe. W 1997 roku odrestaurowano portyk wejściowy od strony placu Batorego. Wykonano przy tym konserwację i częściową rekonstrukcję figur alegorycznych. W latach 2007-2008 przeprowadzono remont elewacji od strony ulicy Dworcowej, następnie w 2011-2012 odnowiono elewacje od strony placu Batorego, a w 2013-2014 – elewacje boczne. Prace te polegały na umyciu i oczyszczeniu ceglanego lica, uzupełnieniu ubytków, rekonstrukcji zniszczonych fragmentów, w tym ponownym odtworzeniu oraz kolorystycznym scaleniu cegieł. W 2014 roku przeprowadzono remont hallu i głównej klatki schodowej