Allerede 11.april 1940 ble Utsira okkupert av tyskerne for det var en strategisk viktig plass. Fyret var viktig, men de hadde også en radiostasjon. Denne ble bombet av engelskmennene i 1944. Det står enda to kanonstillinger på øya til minne om krigens dager.
Kanonstillingene ble bygd i 1944. En formasjon engelske fly kom flygende opp Karmsundet, og to fly fikk se en stor sementblander som stod ved den ene stillingen. Flyene bombet denne og radiostasjonen. Etter det satte tyskerne aldri opp kanoner på stillingene.. Under 2. verdenskrig var det mellom 200- 400 tyskere utplassert på øya. Utsira var strategisk beliggende i skipsleden langs norskekysten og flere områder på øya var minelagt.
Tyskerene hadde tre kanoner og en lyskaster. Disse ble flyttet rundt. Stod bla i Skarvanesvågen og vest for kanonstillingene. Bunkersanleggene ble bygd av tyskerene selv for oppbevaring av ammunisjon.
Utsira blei først og fremst brukt som observasjonspost